威海海參養(yǎng)殖池沉積物富集培養(yǎng)過(guò)程中細(xì)菌區(qū)系演替分析及新菌鑒定.pdf

1、近海海洋沉積物中海洋細(xì)菌資源豐富，存在很多潛在功能細(xì)菌和潛在新物種，具有重要的研究?jī)r(jià)值。本文以威海榮成海參養(yǎng)殖池沉積物樣品為實(shí)驗(yàn)對(duì)象，結(jié)合純培養(yǎng)和免培養(yǎng)測(cè)序技術(shù)，探究了樣品中細(xì)菌的群落組成以及在富集前后細(xì)菌區(qū)系的變化，并發(fā)現(xiàn)了56株潛在新物種。同時(shí)，完成了五株海洋新菌的多相分類分析，豐富了海洋細(xì)菌的資源。
　　本次富集培養(yǎng)分為兩種處理，一種為傳統(tǒng)的富集培養(yǎng)方法，命名為A處理，一種是在傳統(tǒng)富集培養(yǎng)體系中添加具有捕食能力的沉積物慢生單

2、胞菌，命名為F處理。兩種處理中純培養(yǎng)和免培養(yǎng)測(cè)序結(jié)果均證明，與富集前相比，富集后細(xì)菌的數(shù)量顯著增加，多樣性有所提高。在富集培養(yǎng)過(guò)程中，可培養(yǎng)細(xì)菌多樣性表現(xiàn)為先增加后減少，在第21天多樣性最高。本方法尤其適用于擬桿菌門(mén)，厚壁菌門(mén)和梭桿菌門(mén)細(xì)菌類群的富集分離，Parcubacteria和熱袍菌門(mén)在富集培養(yǎng)后出現(xiàn)，但對(duì)于藍(lán)藻門(mén)的分離不適用。同時(shí)，與A處理相比，F(xiàn)處理在對(duì)應(yīng)時(shí)間點(diǎn)的細(xì)菌數(shù)量和多樣性減少，群落結(jié)構(gòu)差異明顯。據(jù)此，可以指導(dǎo)實(shí)驗(yàn)方法的

3、進(jìn)一步改進(jìn)，同時(shí)對(duì)擬桿菌門(mén)等特定細(xì)菌類群的分離提供借鑒意義。另外，通過(guò)本次實(shí)驗(yàn)結(jié)果可知，在威海榮成海參養(yǎng)殖池沉積物樣品中，含有豐富的海洋細(xì)菌資源，有待于進(jìn)一步開(kāi)發(fā)。
　　從威海近海沉積物中分離到三株海洋新菌，菌株編號(hào)分別是FA042T，HF004T，D2T，經(jīng)多相分類分析，確定FA042T為李玄淳屬的新種，命名為紅色李玄淳菌(Hyunsoonleella rubra)。HF004T為海球菌屬的新種，命名為海泥海球菌(Haliogl

4、obus lutimaris)。D2T為卵鏈菌屬的新種，命名為沉積物卵鏈菌(Catenovulum sediminis)。
　　FA042T菌落呈紅色，絕對(duì)好氧菌，桿狀，沒(méi)有鞭毛，不能滑動(dòng)。生長(zhǎng)的最適條件是:溫度33℃，pH7.0-7.5，鹽度為2-3％。基于16S rDNA分析結(jié)果，F(xiàn)A042T與濟(jì)州島李玄淳菌（Hyunsoonleella jejuensis）最相近，相似度為95％。主要脂肪酸成分為iso-C15∶0，iso-

5、C15∶1G，C15∶0，iso-C17∶03-OH和iso-C15∶03-OH。主要呼吸醌型為MK-6。主要極性脂為三種未知脂質(zhì)，兩種未知的氨脂和磷脂酰乙醇胺。DNA G+C含量為38.5 mol％。建議FA042T(=KCTC42398T=MCCC1H00110T)代表擬桿菌門(mén)李玄淳屬的新種，命名為紅色李玄淳菌(Hyunsoonleellarubra)。
　　菌株HF004T是絕對(duì)好氧菌，桿狀（長(zhǎng)1.3-1.8μm，寬0.4-

6、0.6μm），不能滑動(dòng)，革蘭氏陰性菌。生長(zhǎng)的最適條件是:溫度28℃，pH7.5-8.0，鹽度為2-3％。通過(guò)分析16S rDNA，HF004T與海球菌屬最相近，相似度為95.6％-96.1％。主要呼吸醌型為Q-8。主要脂肪酸成分為summed feature3(i.e.C16∶1ω7c and/or iso-C15∶02-OH)，C17∶1ω8c和C181ω7c。主要極性脂為雙磷脂酰甘油，磷脂酰甘油和磷脂酰乙醇胺。DNA G+C含量約5

7、6.9 mol％。建議HF004T(=KCTC42395T=MCCC1H00127T)代表變形菌門(mén)海仙菌科海球菌屬的新種，命名為海泥海球菌（Halioglobus lutimaris）。
　　菌株D2T為絕對(duì)好氧菌，桿狀，噬瓊脂，側(cè)生鞭毛，革蘭氏陰性菌。生長(zhǎng)最適條件是:溫度37℃，pH7.5-8.0，鹽度為2-3％。通過(guò)分析16S rDNA，D2T與卵鏈菌屬最相近，相似度為93.9％-96.3％。主要呼吸醌型為Q-8。主要脂肪酸成

8、分為summed feature3(i.e.C16∶1ω7c and/or iso-C15∶02-OH),C16∶0,C1o∶03-OH,C18∶1ω7c和C12∶0。主要極性脂為磷脂酰乙醇胺，磷脂酰甘油和兩種氨磷脂。DNAG+C含量約40.4 mol％。建議D2T(=KCTC42869T=MCCC1H00129T)代表變形菌門(mén)交替單胞菌科卵鏈菌屬的新種，命名為沉積物卵鏈菌(Catenovuhumsediminis)。
　　從海南

9、省陵水縣黎安港采集的紅藻表面分離到兩株海洋細(xì)菌，分別編號(hào)為0182T，DC003T。經(jīng)多相分類簽定，確定0182T為藏紅花黃色線菌屬的一個(gè)新種，命名為藻居藏紅花黃色線菌（Crocinitomix algicola）。DC003T為賴興巴赫氏菌屬的一個(gè)新種，命名為變色賴興巴赫氏菌（Reichenbachiella versicolor）。
　　菌株0182T為絕對(duì)好氧菌，沒(méi)有鞭毛，菌落顏色為黃色，革蘭氏陰性菌，桿狀（長(zhǎng)0.9-2.5

10、μm，寬0.2-0.4μm）。生長(zhǎng)最適條件是:溫度30℃，pH7.0-7.5，鹽度為2-3％。通過(guò)分析16S rDNA，0182T與產(chǎn)觸媒藏紅花黃色線菌最相近，相似度為94.6％。主要呼吸醌型為MK-7。主要脂肪酸成分為iso-C15∶0，C15∶0，iso-C17∶03-OH和iso-C15∶1G。主要極性脂為氨磷脂，兩種未知的氨脂和四種未知的磷脂。DNA G+C含量為35.4 mol％。建議0182T(=KCTC42868T=MCC

11、C1H00128T)代表擬桿菌門(mén)藏紅花黃色線菌科藏紅花黃色線菌屬的新種，命名為藻居藏紅花黃色線菌（Crocinitomix algicola）。
　　菌株DC003T為絕對(duì)好氧菌，沒(méi)有鞭毛，噬瓊脂，革蘭氏陰性。生長(zhǎng)最適條件是:溫度28℃，pH7.0-7.5，鹽度為2-3％。通過(guò)分析16S rDNA，DC003T與賴興巴赫氏菌屬最相近，相似度為93.1％-94.7％。主要呼吸醌型為MK-7。主要脂肪酸為iso-C15∶0,summe

12、d feature3(i.e.C16∶1ω7c and/or iso-C15∶02-OH),C161ω5c和summed feature5(i.e.Ct8∶2ω6,9c and/or C18∶0 ANTE)。主要極性脂為三種未知脂質(zhì)，兩種氨磷脂，一種未知成分的磷脂和磷脂酰乙醇胺。DNA G+C含量約37.0 mol％。建議DC003T(=KCTC42867T=MCCC1H00130T)代表擬桿菌門(mén)賴興巴赫氏菌屬的一個(gè)新種，命名為變色賴興