觀察生物分子的窗口——rasmol 2

1、觀察生物分子的窗口——RasMol2.6組成自然界中各類生命的最重要的物質(zhì)是蛋白質(zhì)，而核酸是揭示生命遺傳與變異的主要物質(zhì)。它們是生命科學(xué)與生物化學(xué)中，最重要的兩類生物分子。了解蛋白質(zhì)與核酸的三維結(jié)構(gòu)，及其與功能的關(guān)系，對一個生物化學(xué)家來說，是非常重要的。RasMol2.6正是這樣的一個軟件，它利用計算化學(xué)與分子圖形學(xué)以及信息產(chǎn)業(yè)的同步高速發(fā)展的成果，使一個普通的科研工作人員，在自己的個人電腦上，就可以從Inter上的各種免費(fèi)數(shù)據(jù)庫中，下

2、載所需觀察與研究的分子坐標(biāo)文件，進(jìn)而通過RasMol2.6以各種模式、各種角度，甚至按照自己的意愿旋轉(zhuǎn)著，觀察此分子神秘的微觀三維立體結(jié)構(gòu)，進(jìn)而了解化合物分子結(jié)構(gòu)和各種微觀性質(zhì)與宏觀性質(zhì)之間的定量關(guān)系。RasMol2.6是一個觀看分子三維立體結(jié)構(gòu)的軟件，其作者是Glaxo&Wellcome公司（世界第一大制藥公司）研發(fā)中心的科學(xué)家RogerSayle。它有適用于不同機(jī)器、不同操作系統(tǒng)的各種版本。從PC機(jī)到Macintosh（蘋果）機(jī)，從

3、DOS到WINDOWS到UNIX系統(tǒng)，均有不同的版本運(yùn)行。同時，作者與Glaxo&Wellcome公司作出了一個非常了不起的決定，將軟件與程序源代碼免費(fèi)發(fā)布給大家，便于大家共同使用與改進(jìn)此軟件，進(jìn)而提高計算機(jī)在生物化學(xué)方面的應(yīng)用。RasMol2.6最大的特點(diǎn)是界面簡單，基本操作簡單，運(yùn)行非常迅速，對機(jī)器的要求較低，對小的有機(jī)分子與大分子，如蛋白質(zhì)、DNA或要通過RasMol觀看一個分子，首先點(diǎn)擊主窗口的File菜單，打開一個描述分子立體

4、結(jié)構(gòu)的原子坐標(biāo)文件。RasMol支持的文件格式包括：BrookhavenProteinDatabase（PDB）格式、TriposAssociate’Alchemy格式、SybylMol2格式、MolecularDesignLimited’s(MDL)Mol格式、MinnesotaSupercomputerCenter’s（MSC）XYZ格式與Mm格式文件。最常用的設(shè)置，也是軟件缺省的設(shè)置為PDB文件格式。也可以從命令行窗口輸入load

5、命令，打開文件，格式如下：RasMolload[文件格式]文件名打開一個文件，看到分子后，可以通過選擇菜單中不同的顯示模式與顏色模式來變換分子的三維立體結(jié)構(gòu)的外觀。Display（顯示）菜單下，共有八種顯示模式，含意分別為：Wireframe模式：分子的原子用點(diǎn)表示，鍵位用細(xì)線表示；Backbone模式：顯示分子的大致骨架，用圓柱表示；Sticks模式：分子的鍵位用圓柱體表示；Spacefill模式：原子用球體表示，有機(jī)化學(xué)課本里的分子