青蛤（Cyclina sinensis）的遺傳多樣性與簾蛤科（Veneridae）分子系統(tǒng)學(xué)研究.pdf

1、簾蛤科(Veneridae)是種類最豐富的海產(chǎn)雙殼類動(dòng)物之一，其中某些種類因種群數(shù)量巨大而成為重要的經(jīng)濟(jì)貝類，但國內(nèi)外學(xué)者們對(duì)簾蛤科高級(jí)階元間的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系等問題存在不同見解。此外，該科中的青蛤(Cyclina sinensjs)是我國近幾年崛起的一種新型養(yǎng)殖蛤類，但目前國內(nèi)外對(duì)于青蛤的研究僅限于結(jié)構(gòu)解剖、區(qū)系分布、生活習(xí)性等傳統(tǒng)貝類養(yǎng)殖學(xué)的內(nèi)容，缺乏與現(xiàn)代養(yǎng)殖業(yè)密切相關(guān)的遺傳多樣性和遺傳結(jié)構(gòu)方面的分析報(bào)道。 本研究首次利用分子

2、系統(tǒng)學(xué)方法對(duì)分布于我國海域簾蛤科貝類10個(gè)亞科代表種(共計(jì)17個(gè)屬20個(gè)種)的16SrRNA基因片段分析，同時(shí)結(jié)合ITSl序列及COI基因?qū)υ摽浦袪幾h較大的文蛤?qū)佟⒏蜃袑俚呢愵惙N間關(guān)系進(jìn)行了研究，為簾蛤科的系統(tǒng)發(fā)育和分類提供了有價(jià)值的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)。此外，還首次利用RAPD及測序分析技術(shù)對(duì)分布于我國海區(qū)代表性的青蛤種群進(jìn)行了遺傳多樣性與分化問題的探討。論文內(nèi)容包括以下五個(gè)部分； 第一部分簡要概述了我國海產(chǎn)貝類養(yǎng)殖現(xiàn)狀及面臨的各種問題，

3、敘述了遺傳多樣性及分子系統(tǒng)學(xué)研究的歷史及方法的沿革，總結(jié)了簾蛤科動(dòng)物分類和系統(tǒng)發(fā)育研究歷史和現(xiàn)狀。該章節(jié)還重點(diǎn)介紹了本研究中涉及到的目的序列(16S rRNA、COI、ITS)及分析方法(NJ、ML、AMOVA)。 第二部分通過對(duì)貝殼外部性狀的測量，使用SAS軟件中的相關(guān)與回歸、種群內(nèi)及種群間的方差檢驗(yàn)(ANOVA)等程序，分析了我國青蛤9個(gè)代表性種群的殼高、殼寬、殼重、軟體部重量等遺傳性狀的特點(diǎn)。結(jié)果表明青蛤的殼高與生產(chǎn)性指標(biāo)

4、一軟體部重量呈明顯的正相關(guān)性，而其他性狀與軟體部重量沒有直接的相關(guān)性；并通過卡方檢驗(yàn)證實(shí)了莊啟謙(2001)提出的我國青蛤南北海域在殼色和殼緣色的差別。還利用組間平均數(shù)的多重比較一新復(fù)極差法分析方法對(duì)青蛤不同種群的主要經(jīng)濟(jì)性狀進(jìn)行了詳細(xì)的分析，初步結(jié)果顯示位于我國江蘇啟東的青蛤種群多項(xiàng)生產(chǎn)性指標(biāo)優(yōu)良，而位于山東萊州、青島及河北北戴河種群的生產(chǎn)性指標(biāo)偏低。 第三部分利用RAPD技術(shù)對(duì)分布于我國遼寧莊河、河北北戴河、浙江黃巖及廣東惠

5、東四個(gè)青蛤野生種群的遺傳多樣性及其分化進(jìn)行了初步探索。實(shí)驗(yàn)用22個(gè)10堿基引物從這四個(gè)種群分別擴(kuò)增出179、168、178和181條譜帶。單個(gè)引物擴(kuò)增的RAPD標(biāo)記在6-12個(gè)之間，平均每個(gè)引物出現(xiàn)8.2個(gè)標(biāo)記，全部擴(kuò)增片段長度在310b-2850bp之間。根據(jù)擴(kuò)增結(jié)果計(jì)算出四個(gè)種群中多態(tài)位點(diǎn)比例分別達(dá)到76.92％、75.62％、75.50％和 81.31％；平均雜合度依次為0.2815、0.2794、0.2908和0.3012，遼寧

6、莊河種群與河北北戴河種群間的遺傳距離最小，為0.0657，廣東惠東種群與上述三個(gè)種群的遺傳距離在0.0974到0.1032之間，近交系數(shù)(Fst)值在0.1476到0.1997之間，分化Nem值達(dá)到1.4437到1.0018之間，說明該種群與其他種群間產(chǎn)生了較明顯的遺傳分化。 第四部分通過對(duì)我國四大海區(qū)青蛤9個(gè)代表性種群的45個(gè)個(gè)體18S與5.8SrDNA之間轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)(ITSl)564bp到595bp之間的序列分析，比對(duì)結(jié)果表

7、明，不計(jì)插入/缺失部分共有68個(gè)多態(tài)性位點(diǎn)，核酸平均多態(tài)性指數(shù)Pi=0.0312，平均每位點(diǎn)Eta=0.0294。在45個(gè)個(gè)體中共檢測出15種單倍型(Haplotype)基因序列。以單倍型序列為基礎(chǔ)，利用Arlequin軟件中的AMOVA分子方差分析法，對(duì)青蛤種群內(nèi)、種群間及不同組間的遺傳變異進(jìn)行了等級(jí)分析，可將青蛤劃分黃海組，渤海組)，東海組，南海組和日本海組。結(jié)果顯示，種群內(nèi)和不同組間(海區(qū))均有較高的遺傳變異，但對(duì)總變異的貢獻(xiàn)主要

8、來源于組間(不同海區(qū)間)。 第五部分對(duì)簾蛤科10個(gè)亞科代表種(17個(gè)屬20種)的16S rRNA基因片段進(jìn)行了PCR擴(kuò)增和測序測定，使用ClustalX中的多重比對(duì)，用PAUP 4.10中的鄰接法(NJ)和最大似然法(ML)分別構(gòu)建分支樹。遺傳距離矩陣及拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)圖顯示，簾蛤科貝類可分為三個(gè)主要分支，美女蛤亞科最早分出，成為單獨(dú)的一支，與同科的其他類群分歧時(shí)間較早；綴錦蛤亞科、雪蛤亞科和簾蛤亞科構(gòu)成一個(gè)分支，其中雪蛤亞科和簾蛤亞科

9、的關(guān)系更為近緣；另一分支由文蛤亞科、仙女蛤亞科、鏡蛤亞科、和平蛤亞科、卵蛤亞科和青蛤亞科組成，其中文蛤亞科、鏡蛤亞科和卵蛤亞科關(guān)系近緣、其它亞科間的關(guān)系較復(fù)雜，未得到明確解析。此外，利用COI、ITSl的序列綜合分析了蛤仔屬的R.bruguieri、R.decussatus、菲律賓蛤仔和雜色蛤仔的種間關(guān)系，表明后二者的親緣關(guān)系較遠(yuǎn)，似應(yīng)歸入不同的屬。文中討論了文蛤?qū)俚奈母?、麗文蛤、斧文蛤和簾文蛤間的分類及分布問題，結(jié)果表明文蛤和麗文蛤的