計(jì)算機(jī)模擬技術(shù)在生化動(dòng)力學(xué)網(wǎng)絡(luò)中的應(yīng)用.pdf

1、隨著系統(tǒng)生物學(xué)的迅猛發(fā)展，各類(lèi)不同生化動(dòng)力學(xué)網(wǎng)絡(luò)逐漸被人們所認(rèn)識(shí)和重視(如代謝控制網(wǎng)絡(luò)、基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)及信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)網(wǎng)絡(luò)等)。然而這些網(wǎng)絡(luò)的復(fù)雜性使得人們難以從實(shí)驗(yàn)方面直觀了解其功能和作用機(jī)制。為較好地認(rèn)識(shí)這些網(wǎng)絡(luò)的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)及動(dòng)力學(xué)過(guò)程，計(jì)算機(jī)模擬技術(shù)被應(yīng)用于生化網(wǎng)絡(luò)體系的研究。 論文第一章主要介紹了計(jì)算機(jī)模擬技術(shù)的概況以及將其應(yīng)用于生化動(dòng)力學(xué)網(wǎng)絡(luò)的優(yōu)點(diǎn)和意義。 第二章詳細(xì)討論了現(xiàn)有的各類(lèi)模擬算法和模擬軟件。內(nèi)容包括對(duì)國(guó)際上

2、常用的模擬算法和模擬軟件分類(lèi)和總結(jié)，并針對(duì)已有軟件的不足，介紹了自編的模擬軟件CSU。同時(shí)，還就如何根據(jù)實(shí)際體系選擇合適的模擬算法和模擬軟件一問(wèn)題給出討論。 第三章對(duì)不同的生化網(wǎng)絡(luò)模型進(jìn)行研究。對(duì)同一生化動(dòng)力學(xué)網(wǎng)絡(luò)，可分別用隨機(jī)性模型和確定性模型來(lái)描述。該章以一生物節(jié)律網(wǎng)絡(luò)體系為例，從不同角度比較了兩種模型的模擬結(jié)果，同時(shí)還從原理上揭示了兩種模型的適用范圍。 第四章在計(jì)算機(jī)模擬技術(shù)的基礎(chǔ)上，將均勻設(shè)計(jì)方法運(yùn)用于生物節(jié)