兒童結(jié)核病結(jié)核分枝桿菌臨床分離株中EsxA、FbpB、Rv2660c基因多態(tài)性研究.pdf

1、目的：對抗原編碼基因esxA、fbpB、Rv2660c進(jìn)行測序，了解esxA、fbpB、Rv2660c的基因多態(tài)性，以及引起的人 T/B細(xì)胞抗原表位的多態(tài)性，評估基因多態(tài)性對結(jié)核新疫苗H56有效性的影響。
　　方法：從重慶醫(yī)科大學(xué)附屬兒童醫(yī)院感染科化驗室保存的2006至2013年間MTB臨床分離株標(biāo)本中選取135株菌株，對不同年間的不同菌株中的3個蛋白抗原編碼基因進(jìn)行PCR擴增和測序，再結(jié)合標(biāo)準(zhǔn)株H37Rv基因組數(shù)據(jù),對目的基因序

2、列多態(tài)性進(jìn)行研究，比較北京基因型和非北京基因型結(jié)核菌株中 esxA、fbpB、Rv2660c基因多態(tài)性。再依據(jù)從免疫表位數(shù)據(jù)庫(Immune Epitope Database, IEDB)中獲得的結(jié)核分枝桿菌基因中的人T/B細(xì)胞表位序列，對fbpB中的細(xì)胞抗原表位區(qū)及非細(xì)胞抗原表位區(qū)的變異特征進(jìn)行研究。分別計算整個基因編碼區(qū)、人 T/B細(xì)胞抗原表位及非細(xì)胞抗原表位序列區(qū)的非同義替換率（Non-synonymous substitutio

3、n，dN）、同義替換率（synonymous substitution，dS）和dN/dS值，并據(jù)此對不同序列區(qū)域可能面臨的機體免疫系統(tǒng)選擇壓力進(jìn)行評估。
　　結(jié)果：在135株菌株中，esxA、Rv2660c序列保守，暫未發(fā)現(xiàn)基因變異。fbpB共有66株（48.89%）發(fā)現(xiàn)了基因變異，不同年間的菌株中基因變異無差異，北京型和非北京型菌株中 fb p B突變率分別為70.11%和10.42%，差異具有統(tǒng)計學(xué)意義。突變類型包括2個同義

4、突變和3個異義突變，5個單核苷酸多態(tài)性（Single nucleotide polymorphism，SNP)位點共造成8個（14.81%）T細(xì)胞抗原表位以及9個（24.32%） B細(xì)胞抗原表位序列的多態(tài)性。fbpB基因的dN值為0.000120，dS為0.002126，其中 T細(xì)胞表位區(qū)與非 T細(xì)胞表位區(qū)的 dN值分別為0.000067和0.000408，dS分別為0.002382和0.000470，B細(xì)胞表位區(qū)dN和dS值分別為0.