基于多類信息融合的亞葉綠體定位預(yù)測研究.pdf

1、在綠色植物和藻類細(xì)胞中，葉綠體是其生命活動(dòng)的主要場所，同時(shí)也是進(jìn)行光合作用和能量交換的細(xì)胞器。亞葉綠體定位研究是比蛋白質(zhì)亞細(xì)胞定位更深層次的問題，而且準(zhǔn)確定位亞葉綠體的各亞細(xì)胞位置更有利于了解它所發(fā)揮的功能，因此這成為近年來蛋白質(zhì)亞細(xì)胞定位的一個(gè)新的研究課題。
　　本文從Swiss-Prot數(shù)據(jù)庫中搜索蛋白質(zhì)亞葉綠體信息數(shù)據(jù)并進(jìn)行篩選，最終建立了新的相似性小于等于60％的蛋白質(zhì)亞葉綠體數(shù)據(jù)集PS60，其中包含三個(gè)亞細(xì)胞位置。我們計(jì)

2、算了基于蛋白質(zhì)序列的氨基酸單肽分段組分信息、氨基酸間隔二肽耦合信息和氨基酸指數(shù)信息，預(yù)測的蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)信息和蛋白質(zhì)骨架信息，并結(jié)合蛋白質(zhì)亞細(xì)胞定位中運(yùn)用較為成熟的基于生物過程和分子功能的Gene Ontology注釋信息，以及基于PSSM矩陣的蛋白質(zhì)的進(jìn)化信息與保守信息，并將它們作為預(yù)測亞葉綠體位置的特征參數(shù)，篩選得到最優(yōu)參數(shù)組合。利用支持向量機(jī)算法(SVM)，Jackknife檢驗(yàn)的總體預(yù)測成功率達(dá)93.35％。在獨(dú)立測試和交叉驗(yàn)證