從頭算結(jié)合基于分子力學(xué)的蒙特卡洛方法對藻藍(lán)色素與氨基乙酸的研究.pdf

1、本工作主要采用從頭算方法與基于分子力學(xué)的蒙特卡洛方法對藻藍(lán)色素與氨基乙酸進(jìn)行計算研究。本論文開始簡單介紹了從頭算法、分子力學(xué)和蒙特卡洛三種計算化學(xué)中常用的方法，然后分別詳細(xì)地闡述了利用從頭算以及基于分子力學(xué)的蒙特卡洛方法所開展的對藻藍(lán)色素與氨基乙酸研究工作。主要包括以下幾個方面： 1.利用蒙特卡洛和分子力學(xué)力場對藻藍(lán)色素進(jìn)行了勢能面掃描。利用從頭算法和密度泛函理論，對獲得的分布較大并且較為穩(wěn)定的構(gòu)型進(jìn)行了優(yōu)化。用這些方法我們得到

2、了藻藍(lán)色素所有可能的構(gòu)型。結(jié)果表明，ZZZsss構(gòu)型是最穩(wěn)定的結(jié)構(gòu)，其次是ZZZass，EZZass和ZZssa構(gòu)型。 2.利用從頭算結(jié)合分子力學(xué)的蒙特卡洛的方法研究了去質(zhì)子化氨基酸的構(gòu)象，在此基礎(chǔ)上研究了去質(zhì)子化氨基乙酸與從一個到八個水分子的相互作用。通過計算的拉曼和紅外光譜可知，第二水合殼層的水分子對氨基乙酸有較小的影響。我們找到第一水合殼層的構(gòu)建方法，并通過紅外和拉曼光譜，對比了具有第一水合殼層的去質(zhì)子化氨基乙酸與極化連續(xù)