genomewidecharacterizationofinsertiondeletionvariationsandmarkerdevelopmentinoilseedrape(bras

1、C a t a l o g u e N u m b e r ： S e c u r i t yH U A Z H o N G A G R I C U L T U R A I 。U N I V E R S I T YG e n o m e ．．w i d ec h a r a c t e r i z a f i o no f i n s e r t i o n ／d e l e t i o nv a r i a t i o n sa n

2、d m a r k e r d e v e l o p m e n t i no i l s e e dr a p e ( B r a s s i c a n a p u s L ．) b yv a l o r i z i n gr e s e q u e n c i n g g e n o m e d a t aC A N D I D A T E ： S A M M I N A M A H M o o DS U P E R V I S

3、 O R ：P R O F E S S o R K E D E L I UM A J O R ： C R O P G E N E T I C S A N D B R E E D l N GF I E L D ： G E N E T I C S A N D M O L E C U L A R B I o L o G YS U B M I S S I O N D A T E ： J U N E ．2 0 1 6D A T E D E G R

4、 E E A W A R D E D ：M E M [ B E R S O F G U I D I N G G R O U P ：P R o F ．K E D E L I UP R o E J I A N G S H E N G W UC H E N G D A IJ I N G W A N GC O L L E G E O F P L A N T S C I E N C E SH U A Z H O N G A G R 【C U L

5、T U R A L U N I V E R S I T YT a b l e o f C o n t e n t sA b b r e v i a t i o n ????????????????????????????????????????，iL i s to f F i g u r e s ???????????????????????????????????????1 1 1L i s to f T a b l e s ????

6、???????????????????????????????????．i i i摘要????????????????????????????????．．i vA b s t r a c t ?????????????????????????????．?????????????v i1 I n 缸D ( 1 u c t i o n ???????????????????????????????????????一11 ．1 R a p e

7、 s e e d r e l a t i o n s h i p t ob r a s s i c a s p e c i e s ，i t so r i g i na n d g e n o m e c o m p o n e n t s ???51 ．1 ．1G e n u s B r a s s i e a i nB r a s s i c a c e a e a n d U ’St r i a n g l e ?????????

8、???????51 ．1 ．2R a p e s e e d ：g e n e t i c sa n d o r i g i n ?????????????????????????一71 ．1 ．3G e n o m i c c o n s t i t u e n t so f B ．n a p u s ，t h e i rg e n e t i c sa n d g e n o m i c s ????????．91 ．2B ．n a

9、 p u sg e n o m e C o m p l e x i t y ．．．?．．．．．．．?．．．．．．．?．．．．．．．?．．．．?．?．．??．．．?．．．??????·1 01 ．2 ．1W h o l e g e n o m e t r i p l i c a t i o n ( W G T ) i n b r a s s i c a ????????????????·1 01 ．2 ．2G e n

10、o m e d o w n s i z i n g ．??．．????????????????????．?．???·．?．111 ．2 ．3S u b g e n o m e d o m i n a n c e i np o | y p l o i d y B ．n a p u s ?????????????1 31 ．2 ．4H o m e o l o g o u s p a i r i n g a n d C h r o

11、m o s o m a l r e a r r a n g e m e n t i nB ．n a p u s ．。???·?．1 51 ．3R o l e o f c o m p a r a t i v em a p p i n g t od i s s e c t g e n o m i c c o m p o n e n t so r b ．n a p u s ．．．．．?．。．．．1 71 ．3 ．1 C o m p

12、a r a t i v e m a p p i n g b e t w e e n A r a b i d o p s i s a n d B ．n a p u s ??．．．．．．．?．．．．?．?·．．．．1 81 ．3 ．2C o m p a r a t i v e m a p p i n g b e t w e e n B ．n a p u sa n d a n c e s t o r sB ．r a p a a n

13、d B ．o l e r a c e a 2 11 ．4A d v e n t o f m o l e c u l a r m a r k e r t e c h n o l o g y a n d a p p l i c a t i o n i nB ．n a p u s ???????．2 31 ．5I N D E L s v a r i a t i o n si ng e n o m e s ???????????．???????

14、???????．．．．2 51 ．5 ．1C h a r a c t e r i s t i c so f l N D E L s ???．?．．????．．．????．．．，?．．．．??．．?．．?．．?．．?．2 61 ．5 ．2M e c h a n i s mo f l N D E L s m u t a t i o n ???????????????????????．2 72 ．4 ．3 F a c t o r s e f

15、f e c t i n gd e n s i t ya n d d i s t r i b u t i o no f I N D E L a c r o s s t h e g e n o m e s ?．?．2 71 ．6O b j e c t i v e s ．．．．．．．．???．．．．?．．．。．．．．．．．．???．．，．，．．?．．．．．．．．?．．。?．?．．．．．．．??．．．．．?．???．?．2 92M a 鋤a l

16、 s a n d m e t h o d s ?????????????????????????????????．3 02 ．1 P l a n t m a t e r i a l s ???????????????????????????????????．3 02 ．2D N A e x t r a c t i o n a n d s a m p l e p r e p a r a t i o n ．．．．．．???．????????

17、??．???．．?- ．．．．3 12 ．3 C o n s t r u c t i o n o f w h o l e - g e n o m e s h o t g u n l i b r a r i e sa n d s e q u e n c i n g ??。．??．．．?。。。．．．3 23 ．4P r o c e d u r e sf o r I N D E L d i s c o v e r y ????????．．．?

18、．??．?．．?．．?．????????．3 32 ．5D e v e l o p m e n t o f s i n g l e —l o c u sI N D E L s m a r k e r s ???．．．???．．．．．???．．????··?·3 52 ．6E x p e r i m e n t a l v a l i d a t i o no f I N D E L s p o l y m