pubmed使用指南課件

1、醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)資源檢索與利用,PubMed數(shù)據(jù)庫(kù)檢索,中山大學(xué)醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)檢索教研室朱偉麗 zhuweili@mail.sysu.edu.cn020-87330445 2011年5月,Outline,數(shù)據(jù)庫(kù)概況數(shù)據(jù)庫(kù)檢索檢索結(jié)果處理ＭyNCBI,1、PubMed------概況,紙質(zhì)版（Ind

2、ex Medicus,IM美國(guó)醫(yī)學(xué)索引）-----光盤版（MEDLARS on Line ,MEDLINE）------網(wǎng)絡(luò)版(PubMed)，收錄時(shí)間范圍：1947-，部分期刊回溯至創(chuàng)刊年。數(shù)據(jù)每日更新(Tuesday – Saturday)世界上權(quán)威性的生物醫(yī)學(xué)書目型數(shù)據(jù)庫(kù)，收錄全世界范圍內(nèi)70多個(gè)國(guó)家和地區(qū)近5000種生物醫(yī)學(xué)相關(guān)期刊論文，主要收錄英語(yǔ)語(yǔ)種期刊，少部分其他語(yǔ)種期刊。- 學(xué)科范圍涵蓋基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)、臨床醫(yī)學(xué)、護(hù)理

3、學(xué)、口腔醫(yī)學(xué)、獸醫(yī)學(xué)、營(yíng)養(yǎng)衛(wèi)生、藥理和藥劑學(xué)、預(yù)防醫(yī)學(xué)、衛(wèi)生管理、醫(yī)療保健和情報(bào)科學(xué)領(lǐng)域，2000年起新增生物、環(huán)境科學(xué)、海洋生物、植物和動(dòng)物學(xué)、生物物理學(xué)和生物化學(xué)等生命科學(xué)領(lǐng)域- 全球免費(fèi)使用，部分文獻(xiàn)免費(fèi)獲取全文- 集成在NCBI平臺(tái)，訪問網(wǎng)址(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed),,,,,,,1 PubMed------概況,記錄組成- OldMEDLINE[PubMed -

4、OLDMEDLINE ] ：1947-1965年間的MEDLINE數(shù)據(jù)，正在做回溯加工，補(bǔ)充主題詞及部分全文鏈接- MEDLINE[PubMed-indexed for MEDLINE]：標(biāo)引了主題詞被MEDLINE正式收錄的文獻(xiàn)數(shù)據(jù)。- PreMEDLINE [PubMed-in process]：已被MEDLINE錄用，正處于加工標(biāo)引狀態(tài)的文獻(xiàn)數(shù)據(jù)。- [Epub ahead of print ][PubMed-as supp

5、lied by publisher]：由出版商提供的紙質(zhì)版尚未正式出版的文獻(xiàn)，大部分最終會(huì)轉(zhuǎn)入PubMed-in process，再正式轉(zhuǎn)入MEDLINE，部分不在MEDLINE收錄學(xué)科范圍內(nèi)的數(shù)據(jù)，最終會(huì)轉(zhuǎn)化為PubMed-as supplied by publisher/PubMed 狀態(tài)。- Publisher-Supplied [PubMed-as supplied by publisher/PubMed]：由出版商提供但因其

6、學(xué)科不在MEDLINE收錄學(xué)科范圍內(nèi)，而最終未進(jìn)入MEDLINE但保留在PubMed中的文獻(xiàn)數(shù)據(jù)。,OLDMEDLINE,MEDLINE,PreMEDLINE,[Epub ahead of print ]supplied by publisher,PubMed/supplied by publisher,未入選數(shù)據(jù),,PubMed,標(biāo)引主題詞,入選數(shù)據(jù),PubMED形成示意圖,,檢索區(qū),,,,,2PubMed------檢索,- 基

7、本檢索- Limit限定檢索- MeSH詞檢索（主題檢索）- 檢索史組配檢索- Clinical Queries（臨床咨詢模塊）- Single Citation Matcher（單篇引文匹配）,①PubMed基本檢索,- 支持布爾邏輯運(yùn)算 AND, OR, NOT支持截詞檢索*支持字段檢索：如liver cancer[ti]- 支持短語(yǔ)檢索 “ ”自動(dòng)詞語(yǔ)匹配(字段限定、詞組、截詞檢索時(shí)該功能失效),

8、案例1(自動(dòng)詞語(yǔ)匹配）,請(qǐng)利用PubMed檢索有關(guān)結(jié)腸造口術(shù)后患者的護(hù)理的相關(guān)文獻(xiàn)。 檢索詞： 結(jié)腸造口術(shù)---------colostomy 護(hù)理-------nursing,colostomy nursing,,,,自動(dòng)詞語(yǔ)匹配:,,PubMed對(duì)檢索用戶輸入的檢索詞,如果不限定檢索字段,系統(tǒng)依次到MeSH轉(zhuǎn)換表、刊名轉(zhuǎn)換表、作者全名轉(zhuǎn)換表、作者索引表、合作者全名轉(zhuǎn)換表、合作者轉(zhuǎn)換表進(jìn)行詞語(yǔ)的核對(duì)、轉(zhuǎn)換和檢

9、索，如果在上述六個(gè)表中都找不到匹配的短語(yǔ)，系統(tǒng)將短語(yǔ)拆開，繼續(xù)到這六個(gè)表中搜索，短語(yǔ)斷開部分為AND關(guān)系。如果拆到的單詞在上述五個(gè)表中還是找不到匹配詞，將到所有字段中去搜索這些單詞，單詞之間的邏輯關(guān)系也是AND 。,案例2（截詞檢索）,,,請(qǐng)利用PubMed檢索有關(guān)肝移植患者術(shù)后生活質(zhì)量的相關(guān)文獻(xiàn)。 檢索詞： 肝移植---------liver transplant* 生活質(zhì)量-------quality of

10、life,liver transplant* quality of life,,,,案例3（精確檢索）,利用PubMed檢索有關(guān)胎兒染色體異常的產(chǎn)前診斷研究。 產(chǎn)前診斷： Prenatal Diagnosis 胎兒染色體異常：Fetal Chromosomal Abnormalities,“Prenatal Diagnosis” “Fetal Chromosomal Abnormalities”,,案例4（字段檢索）,檢索cel

11、l雜志上發(fā)表的有關(guān)干細(xì)胞移植方面的文獻(xiàn)檢索詞：stem cell transplant* cell[ta]常用字段：ti(題名）、 tiab（題名或摘要）、 au（作者）、 1au(第一作者）、lastau(最后一位作者）、ta（刊名）、ad(地址）、all（所有字段）、majr(主要主題詞）、mh（主題詞)……,,,②PubMed限定檢索,功能：a 字段限定 b 時(shí)間限定

12、 c 文獻(xiàn)類型限定 d 語(yǔ)種限定 e 年齡性別限定 f 全文獲取限定 g 檢索子集限定 ……,案例1 作者與文獻(xiàn)語(yǔ)種限定,檢索2002年以來(lái)PubMed收錄的葛堅(jiān)教授發(fā)表的青光眼的中文文獻(xiàn)。檢索詞： 作者：ge jian[2002年以后的作者檢索可以用全稱] 主題概念：glau

13、coma Limits：2002-2010 出版年限 Chinese 語(yǔ)種限定,作者檢索tips,作者輸入格式:姓前名后,姓用全稱,名字用首字母,姓與名之間不加標(biāo)點(diǎn)符號(hào)。如Michael R, Nash --------- Nash MR自動(dòng)轉(zhuǎn)換作者名檢索:輸入Smith j[au] 將檢索出Smith ja,Smith jb,Smith jr等作者精確檢索:“ ”將作者名引起來(lái),再加[au

14、] 如輸入“smith j”[au]則僅檢索出姓為Smith,名首字母為j的作者的文獻(xiàn).,ge jian glaucoma,,,,,,案例2 文獻(xiàn)時(shí)間與類型限定,利用PubMed檢索近十年來(lái)干擾素β治療多發(fā)性硬化癥的綜述文獻(xiàn) 干擾素β——interferon beta 多發(fā)性硬化癥——multiple sclerosis 限定：last 10 years Review,

15、,,,檢索肝移植患者術(shù)后生活質(zhì)量的研究，要求檢索詞出現(xiàn)在篇名中，檢索結(jié)果可以獲取全文。 檢索詞：liver transplantation、quality of life 檢索字段： 篇名 限定：link to full text,案例3 全文獲取限定,Liver transplantation quality of life,,,,案例4 文獻(xiàn)子集限定,護(hù)理類雜志上發(fā)表的有關(guān)循證護(hù)理研究的文獻(xiàn) 檢索詞：evid

16、ence based nursing 檢索字段： MeSH 限定：subset-----nursing journals,③PubMed-----主題詞檢索,,PubMed依據(jù)MeSH詞表（醫(yī)學(xué)主題詞表）對(duì)所收錄數(shù)據(jù)進(jìn)行主題標(biāo)引利用主題詞檢索可以提高文獻(xiàn)檢索效率MeSH網(wǎng)絡(luò)版本集成在PubMed數(shù)據(jù)庫(kù)中,案例,檢索有關(guān)結(jié)腸造口 (colostomy)患者的護(hù)理（nursing)的文獻(xiàn),colostomy,主題詞注釋,可組配的

17、副主題詞,主題詞加權(quán)與擴(kuò)展,入口詞,主題詞樹,,,,,主要主題詞限定檢索(加權(quán)檢索),,,,檢索近十年以來(lái)PubMed收錄的甘精胰島素治療2型糖尿病的臨床研究文獻(xiàn)。 檢索詞： 甘精胰島素： insulin glargine 2型糖尿?。簍ype 2 diabetes mellitus,④PubMed-----檢索史組配檢索,同義詞,如2型糖尿病non insulin dependent diabetes m

18、ellitusNIDDMType 2 Diabetes （Mellitus ）Adult-Onset Diabetes Mellitus Maturity-Onset Diabetes Mellitus Stable Diabetes Mellitus Slow-Onset Diabetes Mellitus Ketosis resistant diabetes,,,,,⑤. PubMed------Clinical Qu

19、eries,為幫助臨床醫(yī)生更有效地獲取PubMed數(shù)據(jù)庫(kù)中一般疾病的病因?qū)W、預(yù)后、診斷、治療及預(yù)防等方面的信息，PubMed設(shè)置了Clinical Queries功能 。該功能具備特殊的過濾器裝置能將上述主題文獻(xiàn)集中提供檢索。,⑥. PubMed------Single Citation Matcher,功能:輸入題錄信息，查找特定文獻(xiàn)，參考文獻(xiàn)補(bǔ)缺。注意:刊名要準(zhǔn)確，縮寫要標(biāo)準(zhǔn)作者字段第一作者與最后一名作者需用簡(jiǎn)寫Exampl

20、e:查找： smithies oliver 發(fā)表在blood第12期上關(guān)Hematopoietic stem cells的文獻(xiàn)的篇名、其他作者、頁(yè)碼等信息。,,,,,3 PubMed------檢索結(jié)果處理,檢索結(jié)果顯示檢索輸出、保存全文鏈接：Linkout,Summary：默認(rèn)格式，包括作者、篇名、出處、相關(guān)文獻(xiàn)鏈接Summary (text)：summary的文本形式Abstract：篇名、作者、摘要、出處、主題詞、全文鏈

21、接標(biāo)記等Abstract（text）： 篇名，作者，摘要，出處MEDLINE：所有記錄字段XML格式、PMID list可通過Display下拉菜單選擇其它顯示方式,七種檢索結(jié)果顯示格式,①檢索結(jié)果顯示,,,②檢索結(jié)果輸出、保存,,剪貼板:Clipboard(臨時(shí)保存）,,,,,注意:Clipboard(剪貼板)最多只能保存500條最多可以保存8小時(shí)長(zhǎng)期保存,應(yīng)存到myNCBI的collection中,③全文鏈接----

22、LinkOut,,4、 PubMed------MyNCBI,永久保存檢索結(jié)果保存檢索策略，追課題發(fā)展個(gè)性化設(shè)置,①永久保存檢索結(jié)果,,注冊(cè)登錄,,,,,檢索數(shù)據(jù)庫(kù),PubMed最近的操作,保存的文獻(xiàn),,保存的檢索策略,,,,保存在collectionDM中的全部記錄,②保存檢索策略,,,為檢索策略命名,,選擇郵件發(fā)送頻率、文獻(xiàn)格式及接收文獻(xiàn)最大數(shù)目,編輯保存的策略,點(diǎn)擊執(zhí)行檢索,重新執(zhí)行已保存的策略,,修改已保存的策略,③個(gè)性