生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)-遵義醫(yī)學(xué)院珠海校區(qū)

1、生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù),序列數(shù)據(jù)庫(kù) 結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)的種類 圖譜數(shù)據(jù)庫(kù) 突變數(shù)據(jù)庫(kù) 文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)

2、 專業(yè)雜志生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)的查找方法 專門數(shù)據(jù)庫(kù)目錄的網(wǎng)站 著名的生物信息學(xué)中心參見教材p227--p242,,,NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)組織,一、NCBI中的生物信息數(shù)據(jù)庫(kù),1）、PubMed： 生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)2）、Nucleotide：核酸序列數(shù)據(jù)庫(kù)3）、Protein sequence d

3、atabase： 蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)4）、Senome： 大分子三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)5）、Genome： 完整的基因組數(shù)據(jù)6）、PopSet： 人口研究數(shù)據(jù)集7）、OMIM： 人類孟德爾遺傳數(shù)據(jù)庫(kù),8）、Taxonomy： Genbank中的物種分類學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)9）、Structure：分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)10）、SNP：?jiǎn)魏塑账岫嚯男詳?shù)據(jù)庫(kù)11）、Books：

4、 在線生物醫(yī)學(xué)圖書,,所有數(shù)據(jù)庫(kù),例： 在Nucleotide核酸數(shù)據(jù)庫(kù)中檢索牛冠狀病毒的序列信息。 牛冠狀病毒 bovine coronavirus,,,Nucleotide核苷酸數(shù)據(jù)庫(kù),bovine coronavirus,,本庫(kù)利用,本庫(kù)工具,其它資源,核苷酸數(shù)據(jù)庫(kù)序列來源于GenBank中的RefSeq，TPA和PDB。基因組，基因和轉(zhuǎn)錄本序列數(shù)據(jù)為生物醫(yī)學(xué)研究和發(fā)現(xiàn)的基礎(chǔ)。,,牛冠狀病毒全基因組,結(jié)

5、果分類,按數(shù)量多少列出的生物類別,,序列存儲(chǔ)號(hào),存儲(chǔ)號(hào)、定義、入口、版本、來源等詳細(xì)描述,,不同庫(kù)的顯示格式,,FASTA格式顯示全序列,Graphics格式,,Display Setting 顯示格式,,,Send to保存格式,二、序列相似性搜索工具,是用來查找序列之間的同源序列的工具，可以明確序列之間相似性的大小。BLAST：美國(guó)NCBI（國(guó)家生物技術(shù)信息中心）支持。 FASTA：是英國(guó)EBI（生物信息

6、研究所）負(fù)責(zé)維護(hù)。,BLAST：堿基局部對(duì)準(zhǔn)檢索工具 Basic Locul Alignment Search Tool 可進(jìn)行核苷酸序列、蛋白質(zhì)序列方面的同源性分析，能在8秒內(nèi)在整個(gè)DNA數(shù)據(jù)庫(kù)中進(jìn)行序列比較。,,入口,,不同項(xiàng)目的檢索,最近檢索結(jié)果,檢索策略保存,幫助,檢索物種分類,在核苷酸數(shù)據(jù)庫(kù)中檢索核苷序列,在蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)中檢索蛋白質(zhì)序列,用翻譯的核苷酸序列在蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)中檢

7、索,用蛋白質(zhì)序列在翻譯的核苷酸數(shù)據(jù)庫(kù)中檢索,用翻譯過來的核苷在核苷翻譯庫(kù)中檢索,用法學(xué)習(xí),檢索方法,例：對(duì)“人胰島素cDNA序列”進(jìn)行相似性分析步驟：先檢索出cDNA核苷酸序列用FASTA格式顯示將FASTA格式全選后粘貼于BLAST檢索框中選擇分析用的數(shù)據(jù)庫(kù)點(diǎn)擊BLAST進(jìn)行比較,,,,,,,,,,序列存貯號(hào),描述說明,,,序列,,,,檢索框：用來粘貼FASTA格式,可限定對(duì)比起始位置，長(zhǎng)度,人類基因庫(kù),老鼠基因庫(kù),其

8、他數(shù)據(jù)庫(kù),粘貼FASTA格式,,,比較結(jié)果頁(yè)面,彩色積分圖,序列相似描述,存貯號(hào),檢索范圍,積分,描述,E值統(tǒng)計(jì),鏈接,序列對(duì)準(zhǔn)描述,相似率為100%,,三、基因組數(shù)據(jù)庫(kù),1、Genome：可獲得800多種生物體的基因組數(shù)據(jù)，部分已完成測(cè)序。2、人類基因組資源：human genome resources 整合了多種相關(guān)的分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)和公共分析軟件，為科研人員提供了自動(dòng)化的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)獲得、加工和整理途徑，

9、為基因區(qū)域的預(yù)測(cè)和基因功能預(yù)測(cè)提供了一系列便捷的方法。,,,,入口1入口2,檢索框空白,,,,,使用幫助,擴(kuò)展資源,本庫(kù)工具,其他資源,常用資源,注釋和分析,,,四、OMIM孟德爾人類遺傳學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù),OMIM：Online Mendelian Inheritance in Man此庫(kù)是關(guān)于人類基因和遺傳性疾病的數(shù)據(jù)庫(kù)，適合關(guān)注遺傳疾病的醫(yī)生和科研人員,,,檢索框空白，不填入任何內(nèi)容,,,,,di

10、abetes,順序號(hào)中第1位數(shù)字表示所涉及基因的遺傳類型：1：常染色體顯性（1994.5.15前創(chuàng)建）2：常染色體隱性（1994.5.15前創(chuàng)建）3：X連鎖基因座或表現(xiàn)型4：Y連鎖基因座或表現(xiàn)型5：線粒體基因座或表現(xiàn)型6：常染色體基因座或表現(xiàn)型（1994.5.15后創(chuàng)建的條目）,,題名 順序號(hào) 等位基因的變化,原文 參考文獻(xiàn) 臨床癥狀,基因圖異常

11、 投稿者,順序號(hào)前綴的含義,結(jié)果記錄只包含,條目創(chuàng)建時(shí)間,條目最后修正時(shí)間,,此頁(yè)為早期頁(yè)面，但較好地解釋了各種前綴的含義等,,結(jié)果原文,基因圖位置,五、Taxonomy---分類學(xué),即生物學(xué)門類數(shù)據(jù)庫(kù)，可以按生物學(xué)門類進(jìn)行檢索或?yàn)g覽其核苷酸序列、蛋白質(zhì)序列、結(jié)構(gòu)等。,,,Taxonomy入庫(kù)二,Taxonomy入口一,,本庫(kù)工具,其他資源,使用幫助,,檢索方法,1、分類瀏覽 Taxonomy browse

12、r 最高級(jí)類目名稱,,Browser 瀏覽,常用分子生物研究,檢索區(qū),分類,,古生物,細(xì)菌,真核生物,類病毒,病毒,未分類物種,其他,,,,系統(tǒng)默認(rèn)3級(jí)分類級(jí)別,,,點(diǎn)擊進(jìn)入,顯示該物種在這些數(shù)據(jù)庫(kù)中的文獻(xiàn)量,存儲(chǔ)序號(hào),類別,基因碼,同義詞,類別,在Taxonomy數(shù)據(jù)庫(kù)中的文獻(xiàn),作者鏈接，點(diǎn)擊進(jìn)入pubmed,,檢索方法,2、關(guān)鍵詞查詢,,,輸入生物體名稱或生物門類，如hepatitis b virus

13、或 proifera,完整名稱通配符模糊檢索 口語(yǔ)中的名稱分類序號(hào),,,,,,,檢索方法,3、直接用生物體名稱列表查詢,,,點(diǎn)擊下列名稱，直接檢索具體生物體的樹狀結(jié)構(gòu),,六、Structure,也稱大分子三維數(shù)據(jù)庫(kù)(MMDB)，包含來自X線晶體學(xué)和三維結(jié)構(gòu)的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)。MMDB的數(shù)據(jù)從蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)PDB(Protein Data Bank)獲得。對(duì)結(jié)構(gòu)的闡述較PDB詳細(xì)，更多的是比較結(jié)構(gòu)的相似性及親緣關(guān)系。,,Str

14、ucture,,本庫(kù)工具,其他資源,使用幫助等,Cn3d閱讀器,,,Install安裝方法一,Windows安裝方法二,,Tutorial學(xué)習(xí)指南,,,,Download Cn3d方法三,下半頁(yè),,點(diǎn)擊下載、安裝,檢索方法,1、關(guān)鍵詞檢索 直接輸入檢索的蛋白質(zhì)名稱，然后GO2、登記號(hào)檢索 前提是已經(jīng)知道PDB或MMDB的登記號(hào),例:檢索PTEN的結(jié)構(gòu)圖,名稱,3D結(jié)構(gòu)圖，點(diǎn)擊直接下載,在MMDB