采用GPU和多CPU高速產(chǎn)生復(fù)雜群體樣本.pdf

1、溯祖理論誕生于20世紀80年代，相比經(jīng)典群體遺傳學(xué)順著時間研究群體進化的過程，溯祖理論是追溯時間回到過去，推測群體進化歷史上某一特定時間所發(fā)生的事件，而后建立整個群體的進化樹，總結(jié)共同祖先后代譜系的進化過程。它可以通過計算機在各種群體情況下進行模擬。Hudson的ms程序是一個應(yīng)用廣泛的溯祖程序，它需要計算很長時間來積累大量的模擬數(shù)據(jù)以求得最佳結(jié)果。這對計算機的性能而言是一大挑戰(zhàn)，采用了并行計算方法來解決這一問題。
　　 分別采

2、用了CPU并行計算和GPU并行計算，將原本串行計算的程序并行處理，使之在并行計算的平臺上加速運行。利用NVIDIA公司開發(fā)的CUDA和多線程庫標準Pthread這兩種方法，對源程序進行并行處理。通過并行化處理，在實驗所采用的條件下，首先找出了程序中的最優(yōu)線程比例，通過最優(yōu)線程比例，可以獲得程序的最優(yōu)性能;其次，在產(chǎn)生樣本結(jié)果一致的情況下，本程序比源程序的加速比最大達到6x;接著，在研究過程中對程序的限制因素和加速因素進行了詳細的分析，找