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文檔簡介
1、遼寧絨山羊是我國特有的遺傳學資源,其產(chǎn)絨量位居全國第一,存在的不足是絨的直徑略粗,為了尋找與纖維直徑相關(guān)的基因,從而改變絨山羊絨毛直徑略粗的問題,本文對遼寧絨山羊毛囊興盛期皮膚cDNA文庫中的1,126條與冗余蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫中有功能的蛋白質(zhì)匹配的EST序列進行了細致的功能分析,這1,126條EST序列的大小分布在200bp到1,900bp之間,其中904條EST序列具有非常高的相似性,138條EST序列相似性一般,只有84條EST序列相似
2、性很低。利用CAP3程序進行聚類和拼接得到了243條拼接序列和883條非拼接序列,拼接率為21.6%。對1,126條EST序列進行BLASTX比對表明:有4.5%的EST序列參與蛋白質(zhì)合成、包裝、折疊、修飾等生物學進程;26.5%的EST序列與酶/催化相關(guān);25.9%的EST序列與細胞內(nèi)活動相關(guān);12.1%的EST序列與核酸相關(guān);4.3%的EST序列參與免疫/防御性新陳代謝;5.9%的EST序列參與物質(zhì)和能量代謝;1.2%的EST序列與
3、毛發(fā)相關(guān);15.1%的EST序列涉及各種疾病等;還有4.5%的EST序列沒有功能標注。通過測通EST序列,我們得到81條全長序列,隨機選取兩條未知功能基因全長序列進行研究,預測開放閱讀框所編碼的氨基酸,經(jīng)相似性分析比對后,確定兩條全長序列分別是基因:二甲基腺苷轉(zhuǎn)移酶-1型(DIMTIL)和有被小泡ζ亞基(ζ-COP)。對它們進行深入研究發(fā)現(xiàn),DIMT1L具有一個甲基轉(zhuǎn)移酶結(jié)構(gòu)域,三級結(jié)構(gòu)比較疏松,與它是親水性蛋白質(zhì)有關(guān):ζ-COP是一條
4、小鏈,三級結(jié)構(gòu)簡單,也是親水性蛋白質(zhì);通過家族歸屬分析得到:DIMT1L屬于核糖體RNA腺嘌呤甲基轉(zhuǎn)移酶家族,具有甲基轉(zhuǎn)移酶功能;ζ-COP屬于網(wǎng)格蛋白復合體小鏈家族,是COPI小泡的組成部分,通過信號肽預測,我們發(fā)現(xiàn)它存在一個信號識別位點,由此推測ζ-COP是COPI有被小泡的信號識別位點,通過信號識別,將蛋白質(zhì)轉(zhuǎn)運出去;DIMT1L在線粒體有少量表達,在內(nèi)質(zhì)網(wǎng)中有微量表達,ζ-COP在細胞質(zhì)基質(zhì)中有表達。通過半定量RT-PCR、ge
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