馬鈴薯(Solanum tuberosum)microRNA的生物信息學(xué)鑒定及miR172、miR399b過(guò)表達(dá)載體的構(gòu)建.pdf

1、MicroRNA（miRNA）是一類(lèi)調(diào)控基因轉(zhuǎn)錄后表達(dá)非編碼的小分子RNA，它在生物發(fā)育、細(xì)胞增殖以及脅迫響應(yīng)等過(guò)程中發(fā)揮著重要的調(diào)控作用。目前，分離和鑒定miRNA的方法主要包括直接克隆法和生物信息學(xué)方法。部分miRNA存在表達(dá)豐度低，表達(dá)組織特異性，以及受特殊誘導(dǎo)等問(wèn)題，用傳統(tǒng)的實(shí)驗(yàn)法常難發(fā)現(xiàn)和鑒定這類(lèi)miRNA。通過(guò)生物信息學(xué)方法在已有的各種基因庫(kù)中尋找未知miRNA，大大提高了人們發(fā)現(xiàn)miRNA及其靶基因的效率。馬鈴薯（Sola

2、num tuberosum）是一種種植十分廣泛的作物，是歐洲、美洲等地人們的主食，也是生產(chǎn)淀粉和生物能源的重要原料。目前對(duì)植物miRNA的預(yù)測(cè)研究還只是集中在一些模式植物中，對(duì)馬鈴薯等其他作物還鮮有涉及。本文中，我們以公布的擬南芥、水稻以及其它植物的miRNA序列為基礎(chǔ)，搜尋馬鈴薯植物同源miRNA及其靶基因，所需的數(shù)據(jù)主要來(lái)源于GenBank上的EST及mRNA數(shù)據(jù)庫(kù)。研究采用生物信息學(xué)手段，首次在馬鈴薯中預(yù)測(cè)到了22個(gè)潛在miRNA

3、。并且用預(yù)測(cè)的22個(gè)miRNA進(jìn)一步預(yù)測(cè)相應(yīng)的靶基因，結(jié)果得到了75個(gè)靶基因。通過(guò)對(duì)靶基因的功能研究發(fā)現(xiàn)，許多靶基因與馬鈴薯的發(fā)育，信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)，脅迫響應(yīng)等密切相關(guān)。同時(shí)基于RT-PCR的方法，對(duì)馬鈴薯pre-miRNA進(jìn)行了根、莖、葉組織特異性表達(dá)實(shí)驗(yàn)。并發(fā)現(xiàn)每種miRNA在不同的器官中表達(dá)量不一致。本文同時(shí)構(gòu)建了pre-miR172和pre-miR399b的過(guò)表達(dá)載體，以期繼續(xù)探究miR172和miR399b在馬鈴薯中的調(diào)控作用。本研究