利用mtDNA D-loop區(qū)研究10個綿羊品種的遺傳多樣性、起源及遺傳分化.pdf

1、本研究利用綿羊線粒體DNA D-loop區(qū)全序列的結構和變異性，分析了來自中國5個省的8個地方綿羊品種和2個引入品種的起源和遺傳多樣性，為地方綿羊品種的科學保種和有效利用奠定基礎。在測定了10個品種共計133個個體的線粒體DNA D-loop區(qū)全序列的基礎上，通過系統(tǒng)進化分析得到了A和B兩個支系，同時對10個綿羊群體的遺傳結構及群體擴張進行了分析。主要研究結果如下：
　　 1.10個綿羊品種線粒體DNA D-loop區(qū)的核苷酸變

2、異
　　 10個家養(yǎng)綿羊品種133只個體的mtDNA D-loop區(qū)長度為1106～1182bp，按各長度所占比例推測D-loop區(qū)長度為1181bp。除了少數插入/缺失外，長度變異主要是由于串聯(lián)重復序列的重復次數不同造成的。另外，三條長度為1176bp的序列在143-146處還存在連續(xù)四個堿基（CCAC）缺失現(xiàn)象。133個個體的A、T、G、C平均含量分別為33.0％，29.7％，14.4％和22.9％，其中A+T為62.7％，

3、G+C為37.3％，A+T含量明顯高于G+C含量。133條序列中共發(fā)現(xiàn)155個多態(tài)位點，其中單一多態(tài)位點53個，簡約信息位點102個。155個多態(tài)性位點中，發(fā)生轉換143次，顛換16次，其中4個位點同時發(fā)生了轉換和顛換，核苷酸變異主要以轉換為主。
　　 2.10個綿羊品種的遺傳多樣性
　　 所發(fā)現(xiàn)的155個多態(tài)位點共確定了103種單倍型，其中蘭州大尾羊與漢中綿羊和蘇尼特羊各有一個共享單倍型（Hap_30和Hap_81）。

4、10個綿羊群體的平均核苷酸多樣度為：0.01553±0.00347；平均單倍型多樣度為：0.947±0.048；平均核苷酸差異數為20.532±9.125。10個品種的核苷酸多樣度表現(xiàn)出較大的差異，變異范圍為：0.00697～0.02209，核苷酸多樣度最大和最小的群體分別為巴什拜綿羊（0.02209）和昭通綿羊（0.00697）；單倍型多樣度變異范圍為0.803～1.000，單倍型多樣度最高和最低的群體分別是塔什庫爾干綿羊和漢中綿羊。

5、研究結果說明，昭通綿羊和漢中綿羊的遺傳多樣性較貧乏，巴什拜綿羊和塔什庫爾干綿羊的遺傳多樣性極豐富，總體來說，10個家養(yǎng)綿羊品種中有8個品種的遺傳多樣性較為豐富。
　　 3.10個綿羊群體的種間和種內遺傳距離及其遺傳分化
　　 利用Kimura2-parameter模型在MEGA4.0中計算綿羊群體的種間和種內遺傳距離，結果為：10個綿羊品種間的遺傳距離為0.0114～031；昭通綿羊與塔什庫爾干羊以及昭通綿羊與巴音布魯克

6、綿羊之間的遺傳距離最小，均為0.011；昭通綿羊與引進品種的遺傳距離最遠，為0.031。10個綿羊品種的種內遺傳距離范圍為0.007～0.023。種內遺傳距離最近和最遠的品種分別為昭通綿羊（0.007）和巴什拜羊（0.023）。10個綿羊品種平均遺傳距離為0.022。AMOVA分析結果顯示：綿羊群體的遺傳變異主要來源于群體內部。從10個品種的遺傳分化結果來看，除巴什拜綿羊與引入品種的分化程度不明顯之外，其余中國地方綿羊品種與引入綿羊品種

7、的分化較明顯。
　　 4.10個綿羊群體的起源與進化分析
　　 在Kimura2-parameter模型下，利用MEGA4.0軟件構建了103個單倍型和5條NCBI下載序列（3個野生綿羊序列，已報道的1條亞洲A型序列和1條歐洲B型序列）的系統(tǒng)發(fā)育樹，并進行了Bootstrap檢驗，重復次數1000次，結果顯示：受試綿羊聚為兩個分支，摩佛倫羊（AY091490）與其中一個分支聚為一類，而羱羊（AJ238300）和盤羊（AF

8、039580）單獨聚為一類；亞洲型A型（AF039578）和歐洲型B型（AF039577）分別與兩個分支聚為一類。利用103個單倍型構建的中介網絡圖也清晰地表現(xiàn)出兩個發(fā)育集團。利用MEGA對GenBank上下載的綿羊序列和本研究中的133條序列構建NJ樹，結果顯示這些序列分為三個分支，本試驗研究的序列出現(xiàn)在了第一和第二個分支中，而未出現(xiàn)在第三個分支中。這進一步說明：受試的10個綿羊品種存在兩個獨立的母系起源，且摩佛倫羊有可能是家綿羊的始