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1、本研究首次采用新一代高通量轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)對(duì)10cm、50cm、100cm和150cm四個(gè)不同生長(zhǎng)高度的慈竹筍進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,對(duì)測(cè)序得到的原始數(shù)據(jù)進(jìn)行拼接組裝、結(jié)構(gòu)分析、功能注釋、表達(dá)分析等一系列生物信息學(xué)分析,主要結(jié)果如下:
1.慈竹10cm、50cm、100cm和150cm四個(gè)樣品分別得到4.06Gb、4.20Gb、1.58Gb和4.14Gb的數(shù)據(jù)量,組裝后分別得到56,743、56,862、39,480和56,404條Un
2、igenes,最后做進(jìn)一步的聚類分析,整合得到慈竹物種的Unigene數(shù)據(jù)庫(kù),共111,137條Unigenes,覆蓋度在80%以上的Unigenes有64,403條,占慈竹Unigenes總數(shù)的57.95%。共有110,179條Unigenes成功預(yù)測(cè)到ORF;對(duì)1kb以上的Unigenes(21,518條)做SSR分析,發(fā)現(xiàn)5,163條Unigenes含有SSRs。
2.慈竹111,137個(gè)Unigenes中有63,094
3、(56.77%)條Unigenes在COG、GO、KEGG、Swiss-Prot和Nr數(shù)據(jù)庫(kù)中被注釋。
3.慈竹四個(gè)樣品間差異表達(dá)基因最多的為10cmvs150cm(2,601條Unigenes),其次是10cmvs50cm(1,828條Unigenes),最少的是50cmvs100cm(1,224條Unigenes)。
4.慈竹四個(gè)樣品間纖維素和木質(zhì)素合成途徑中關(guān)鍵酶基因的差異表達(dá)分析表明,大部分Unigenes都
4、隨著筍高度的增加,呈現(xiàn)不同程度的上調(diào)表達(dá),只有少部分Unigenes下調(diào)表達(dá)。
5.在四個(gè)不同生長(zhǎng)高度的慈竹筍中鑒定了9種差異表達(dá)的轉(zhuǎn)錄因子,其中最多的是MYB(36條);其次是WRKY和bHLH(都有28條);最少的是HD-ZIP(2條)。
6.慈竹四個(gè)樣品的Unigenes分別與水稻、毛竹、短柄草、玉米和高粱等禾本科植物轉(zhuǎn)錄本序列數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行Blast比對(duì),其與毛竹相匹配的基因數(shù)最多,其次依次是水稻、短柄草、高粱和
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