1、三角魴(Megalobramaterminalis)，屬鯉科(Cyprinidae)、魴屬(Megalobrama)，主要分布在東南沿海，長(zhǎng)江水系、黃河水系、黑龍江水系以及俄羅斯遠(yuǎn)東地區(qū)，是魴屬中分布最廣泛的魚(yú)類(lèi)。但野生三角魴資源量逐年減少，為了保護(hù)三角魴的野生資源，同時(shí)建立三角魴良種選育平臺(tái)，本實(shí)驗(yàn)室以錢(qián)塘江三角魴原種為親本，建立了50個(gè)全同胞家系。F1代5月齡時(shí)，隨機(jī)在1個(gè)家系中選取200尾個(gè)體，測(cè)量體長(zhǎng)體重后，分別選取體重的前5％
2、（10尾）個(gè)體的肌肉、肝臟和腦組織提RNA，各組織的RNA等量混合成1個(gè)樣品L，同樣分別選取體重的后5％（10尾）個(gè)體的肌肉、肝臟和腦組織提RNA，各組織的RNA等量混合成1個(gè)樣品S。L和S的總RNA提取mRNA后，本實(shí)驗(yàn)室按照IonTorrent測(cè)序儀200bp讀長(zhǎng)的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序指南，構(gòu)建出L和S的cDNA文庫(kù);制備318芯片后，經(jīng)本實(shí)驗(yàn)室的IonTorrent測(cè)序儀測(cè)序。采用生物信息學(xué)方法比較分析三角魴F1代中L和S兩個(gè)轉(zhuǎn)錄組;利用微
3、衛(wèi)星搜索軟件搜索三角魴F1代轉(zhuǎn)錄組中的SSR序列，篩選出三角魴的分子標(biāo)記，用于三角魴不同地理種群的遺傳多樣性研究。具體研究結(jié)果如下:
(1)依據(jù)IonTorrent測(cè)序儀200bp讀長(zhǎng)的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序指南和相關(guān)試劑盒，構(gòu)建了三角魴F1代L和S的cDNA文庫(kù)。經(jīng)檢測(cè)，L和ScDNA文庫(kù)濃度分別為5.06ng/μL和34.8ng/μL，均大于5ng/μL，符合IonTorrentRNA-Seq測(cè)序要求，文庫(kù)長(zhǎng)度均約200bp，表明三角
4、魴F1代L和S的cDNA文庫(kù)構(gòu)建成功。
(2)利用318芯片，在IonTorrentPGMTM測(cè)序儀上測(cè)序，獲得了三角魴F1代L和S的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)。其中，L和S分別獲得2，163，601個(gè)rawreads和3,893，877個(gè)rawreads。下機(jī)序列兩次去除引物、接頭及短序列后，L獲得1，987，905cleanedreads;S得到3，795，177cleanedreads。L所有cleanedreads成功拼接出27，67
5、3contigs，其中N50為156bp，平均長(zhǎng)度為164bp(101bp-2，824bp);S所有cleanedreads成功拼接出78，370contigs，其中N50為152bp，平均長(zhǎng)度為162bp(101bp-3，376bp)。與NR蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)，L和S分別比對(duì)上15，786和38，923contigs，鑒定出10，800和21，718個(gè)uniqueprotein。GO注釋中，L和S分別有3486個(gè)contigs、7134個(gè)
6、contigs注釋上，這些contigs被分為三大生物類(lèi)別。KEGG分析中，L有28個(gè)生長(zhǎng)相關(guān)的轉(zhuǎn)錄本，S有117個(gè)生長(zhǎng)相關(guān)的轉(zhuǎn)錄本。三角魴F1代轉(zhuǎn)錄組序列經(jīng)微衛(wèi)星搜索軟件搜索，L有118個(gè)微衛(wèi)星序列，S有383個(gè)微衛(wèi)星序列，L和S中可用于設(shè)計(jì)微衛(wèi)星引物的序列分別為46和143個(gè)。利用三角魴的SSR序列開(kāi)發(fā)了81對(duì)微衛(wèi)星引物，最終篩選出2個(gè)可以穩(wěn)定擴(kuò)增出目的條帶的微衛(wèi)星位點(diǎn)。
(3)利用本實(shí)驗(yàn)室開(kāi)發(fā)的30個(gè)多態(tài)性較高的團(tuán)頭魴微
7、衛(wèi)星位點(diǎn)，在三角魴中跨種擴(kuò)增，篩選出能穩(wěn)定擴(kuò)增出目的條帶的位點(diǎn)13個(gè)，其中有11個(gè)位點(diǎn)在三角魴中具有多態(tài)性?；谌囚欈D(zhuǎn)錄組開(kāi)發(fā)的2個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)及跨種擴(kuò)增篩選出的11個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)的觀測(cè)雜合度（Ho）與期望雜合度（He）的分布范圍分別為0.7000-0.9667和0.6480-0.8264;多態(tài)信息含量(PIC)為0.5710-0.7885，均大于0.5，表明這13個(gè)位點(diǎn)可用于三角魴遺傳多樣性研究。
(4)利用13個(gè)位點(diǎn)對(duì)三角魴
8、錢(qián)塘江、北江、金沙河水庫(kù)及黑龍江等4個(gè)群體分析遺傳多樣性。三角魴4個(gè)群體的平均有效等位基因數(shù)在4.0196與4.4093之間，觀測(cè)雜合度分布于0.4至0.9667之間，期望雜合度分布在0.6073到0.8661范圍內(nèi)。固定指數(shù)Fst的遺傳分化研究指出，北江群體與錢(qián)塘江群體、北江群體與金沙河群體間均存在中等程度的遺傳分化(0.05＜Fst＜0.25)。UPGMA聚類(lèi)顯示錢(qián)塘江群體和黑龍江群體先聚為一類(lèi)，再與金沙河水庫(kù)群體聚為一類(lèi)，最后與北