紅豆杉的18S rRNA基因的分子進化研究.pdf

1、在生物信息學(xué)體系和工具建成之后,分子進化研究已經(jīng)成為演化分子生物學(xué)的一個熱點,大多數(shù)現(xiàn)代分子生物學(xué)家常常據(jù)此進行分子進化機制的研究,并推算現(xiàn)有一些重要生物的起源時間.本文基于bioperl設(shè)計了遠程大規(guī)模獲取基因序列的程序,獲取了大量紅豆杉及相關(guān)科屬物種的18S rRNA基因序列,以此為工作基礎(chǔ),展開了對紅豆杉的分子進化研究.通過多序列比對,提取有發(fā)育信號的數(shù)據(jù)集,進行系統(tǒng)發(fā)育分析,用分子鐘假說的相對速率檢驗、分支長檢驗以及二簇檢驗最終

2、構(gòu)建線性樹,計算分類群間的平均進化距離(枝長),估計分歧時間.通過本文的研究得出如下結(jié)論:1、采樣于咸寧的紅豆杉(xl)和中國紅豆杉(taxus chinensis),處于自然生長條件下,分析結(jié)果顯示二者均通過了分子進化相對速率的檢驗.同時結(jié)果顯示二者同屬于一個物種中國紅豆杉.因此,分歧時間顯示二者并無分歧或者遺傳距離很小.2、根據(jù)化石研究表明,紅豆杉科的化石發(fā)現(xiàn)于上白堊世.根據(jù)咸寧的考古證據(jù),咸寧的紅豆杉是第三世紀孑遺植物.本文結(jié)果顯

3、示,美麗紅豆杉(taxus mairei)和中國紅豆杉(taxus chinensis)分歧時間在57±21.4Ma前,也就是中國紅豆杉(taxus chinensis和xl)出現(xiàn)于57±21.4Ma年前,與資料基本一致.3、根據(jù)相對速率檢驗結(jié)果,懸浮細胞培養(yǎng)的中國紅豆杉(cell)比咸寧的樣品(xl)和中國紅豆杉樣品(taxus chinensis)的速率都快,同時曼地亞紅豆杉(taxus x media)也較二者快.這說明細胞培養(yǎng)等