20540.裂殖酵母全基因組范圍內(nèi)轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)研究

1、申請上海交通大學(xué)碩士學(xué)位論文裂殖酵母全基因組范圍內(nèi)轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)研究學(xué)校：上海交通大學(xué)院系：生命科學(xué)技術(shù)學(xué)院專業(yè)：生物化學(xué)與分子生物學(xué)班級：B1008094學(xué)號：1100809073碩士研究生：侯婧逸導(dǎo)師：孫潔林（副教授）邵志峰（教授）趙小東(研究員)上海交通大學(xué)生命科學(xué)技術(shù)學(xué)院2012年6月上海交通大學(xué)碩士學(xué)位論文II裂殖酵母全基因組范圍內(nèi)轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)研究摘要真核生物的轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)(tranionalstartingsites)對于鑒別

2、其核心啟動子（cepromoter）區(qū)域以及進(jìn)一步研究真核生物轉(zhuǎn)錄調(diào)控提供了重要的信息。裂殖酵母Schizosacomycespombe作為一種重要的模式生物，其基因組的注解和轉(zhuǎn)錄組的研究已經(jīng)取得了一些發(fā)現(xiàn)。然而在其基因表達(dá)調(diào)控中發(fā)揮重要作用的核心啟動子區(qū)域的位置和結(jié)構(gòu)仍然是一個(gè)未知的領(lǐng)域。核心啟動子主要指轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)附近100bp左右的區(qū)域，因此，在全基因組范圍內(nèi)研究裂殖酵母轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)對研究基因表達(dá)調(diào)控具有關(guān)鍵的作用。針對這個(gè)問題，

3、我們利用CAGE（CapAnalysisofGeneExpression）技術(shù)并結(jié)合第二代高通量測序技術(shù)，在全基因組范圍內(nèi)捕獲裂殖酵母轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)，通過生物信息學(xué)的方法對得到的數(shù)據(jù)進(jìn)行初步分析。本文首先介紹了建立CAGE技術(shù)的工作，側(cè)重于酵母細(xì)胞破壁及總RNA提取、RNA酶I的酶切條件以及短標(biāo)簽文庫的構(gòu)造三個(gè)部分的條件優(yōu)化，使最終得到的CAGE文庫的核糖體RNA含量小于10%，說明構(gòu)建的CAGE文庫在捕獲轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)方面高效性。此外，本