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1、中國科學院研究生院碩士學位論文轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)注釋算法研究與軟件實現(xiàn)姓名:劉遵明申請學位級別:碩士專業(yè):生物信息學指導教師:于軍;吳佳妍201204ABSTRACT_________________—————————’——————_———————————●___________●_______________——__—_,—_____一______________________,_______一ABSTRACTWiththedevelopm
2、entofhigh—throughputnextgenerationDNAsequencing(NGS)technologies,RNAsequencing(RNA—Seq)hasbecomeoneofthemostimportantnewapproachesforbothgeneexpressionanalysisandtranscriptomesanalysisThemaincommercialavailableNGSplatfor
3、msareIllumina/SolexaGenomicAnalyzerRoche/454LifeSciencesGSFLXandABI/AgencourtSOLIDSystemNGStechnologyisalarge—scaleandhighthroughptttechnologywhichconsumeslessmoneyandtimeOntheothersideofthecoin,shortreadslengthcausesmor
4、ebioinformaticsbarriersWhenweobtainedRNA—SeqdatafromNGSplatforms,basicanalysisfollowstwosteps:mapRNASeqreadsteferencegenome,whichiscalledmapping;countreadsnumberanddensitycorrespondtoeachknownexon,spliceeventornewcandida
5、tegene,whichiscalledexpressionquantizationThemaincontentsofthispaperisthesecondstepofthesequencedataannalysis,whichiStheresearchofRNASeqdataannotationTheresearchcontenthavebeendevidedintofoutparts:First,weshouldtakealite
6、ratureresearchandgetthestudyofbackgroundknowledge,whichcanhelpUStounderstandthecurrentannotationtoolandanalysisofthestrengthsandweaknessesofthesetools;andthenconductresearchandanalysisofRNASeqdataannotationalgorithmandto
7、designthealgorithmofthiscomment,whichCanmeasurethegeneexpressioninisoformlevel;thereafterbasedontheshortcomingsanddeficienciesoftheexistingannotationtools,combinedwitltheannotationalgorithmdesignedbythesecondstep,wehaveb
8、eendevelopedanewRNA—Seqdataannotationtool;atlast,annotationalgorithmwehavedesignedshouldbeverifytodeterminetheaccuracyandavailabilityofresults,andweshouldtakeaappropriatetestofthannotationt001Fromwhatdiscussedabove,Wedev
9、elopatoolforRNASeqdataannotationnamedRNADAP(RNASeqdataannotationpipeline)ThispipelinecanevaluategeneexpressioninisoformlevelandbalancetimeconsumingandinternalstoragecostaswellMostimportant,ourpipelinecanbecompatiblewithm
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