16864.基于自由詞的基因功能注釋和分子網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建

1、南方醫(yī)科大學(xué)2009級(jí)碩士學(xué)位論文基于自由詞的基因功能注釋和分子網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建Functionalclusterofgenesandconstructionofmolecularnetworksbasedonfreeterms課題來(lái)源：廣州市科技條件建設(shè)項(xiàng)目《：廣州生物醫(yī)藥公共服務(wù)平臺(tái)(國(guó)際生物島)信息中心生物醫(yī)藥網(wǎng)絡(luò)文獻(xiàn)挖掘系統(tǒng)建設(shè)》(編號(hào)：穗科條[200917—24)專業(yè)名學(xué)位申請(qǐng)指導(dǎo)教稱遺傳學(xué)人師答辯委員會(huì)主席答辯委員會(huì)成員汪佳宏黃仲曦

2、副教授鐘雪云教授姚開(kāi)泰教授鐘雪云教授湛鳳凰教授陳系古教授安靚教授趙彤教授李欣教授論文評(píng)閱人鐘雪云教授安靚教授2012年5月13日摘要人工編輯自由詞的方式注釋基因功能；2)從Pubmed摘要中識(shí)別并整合最全面的分子相互作用，構(gòu)建分子相互作用網(wǎng)絡(luò)及與任意自由詞相關(guān)的子網(wǎng)絡(luò)。_材料與方法1、文獻(xiàn)挖掘人基因功能和分子網(wǎng)絡(luò)。(1)數(shù)據(jù)庫(kù)下載：將PubMed文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)、Entrezgene基因名稱數(shù)據(jù)庫(kù)和HUGO基因名稱數(shù)據(jù)庫(kù)下載到本地并定期更新。

3、(2)基因相關(guān)文獻(xiàn)識(shí)別：整合Entrezgene基因名稱數(shù)據(jù)庫(kù)和HUGO基因名稱數(shù)據(jù)庫(kù)，建立人基因名稱數(shù)據(jù)庫(kù)；根據(jù)人基因名稱(包括縮寫(xiě)、別名、全稱和產(chǎn)物名稱等)，制定基因名稱的識(shí)別規(guī)則，識(shí)別PubMed中的基因相關(guān)文獻(xiàn)，建成數(shù)據(jù)庫(kù)。我們采用基于詞典和基于規(guī)則的混合方法識(shí)別基因相關(guān)文獻(xiàn)。首先，提取人基因名稱(包括縮寫(xiě)、別名、全稱和產(chǎn)物名稱等)和Entrezgene的基因簡(jiǎn)介。對(duì)基因名稱作相應(yīng)的擴(kuò)展、刪減和修正，以提高基因名稱識(shí)別查全率。同

4、時(shí)，根據(jù)基因全稱和基因簡(jiǎn)介制定輔助檢索詞，提高基因名稱識(shí)別準(zhǔn)確率。然后，在BiocreativeIIGN訓(xùn)練集上總結(jié)歸納復(fù)雜的基因名稱識(shí)別規(guī)則，進(jìn)一步提高基因名稱識(shí)別查全率和準(zhǔn)確率。(3)基因功能注釋識(shí)別：識(shí)別至少在兩個(gè)基因的相關(guān)文獻(xiàn)中高頻率出現(xiàn)的非公共詞匯的單詞和詞組為基因的功能注釋(即關(guān)鍵詞)，建成數(shù)據(jù)庫(kù)。我們通過(guò)兩種方法識(shí)別基因的關(guān)鍵詞。一、識(shí)別基因相關(guān)文獻(xiàn)中高頻率出現(xiàn)的非公共詞匯為基因的候選關(guān)鍵詞。二、識(shí)別基因相關(guān)文獻(xiàn)中高頻率出