13876.基于兩兩比對(duì)的細(xì)胞器基因組基因序重組的生物信息學(xué)研究

1、ByKongYanADissertationSubmittedtoUniversityofChineseAcademyofSciencesInpartialfulfillmentoftherequirementForthedegreeofMasterofScienceXinjiangInstituteofEcologyandGeographyChineseAcademyofSciencesJune，2013摘要摘要本研究在NCBIOrg

2、andieGenomeResources數(shù)據(jù)庫(kù)下載了后生動(dòng)物線粒體基因組和植物葉綠體基因組數(shù)據(jù)，利用perl語言及Bioperl的程序包Bio：：SeqFeatureI編寫程序提取了基因組的基因序數(shù)據(jù)。對(duì)整理后得到的基因序數(shù)據(jù)使用本研究開發(fā)的基因序的兩兩比對(duì)算法進(jìn)行了基因序的兩兩比對(duì)，利用符號(hào)來表示不同的基因序重組類型。主要研究的基因序重組類型包括6種：基因編碼鏈的轉(zhuǎn)換、相鄰位置基因或基因簇的位置轉(zhuǎn)換、基因的丟失、重復(fù)、基因的共有基因簇

3、、以及基因的重復(fù)隨機(jī)丟失模型。根據(jù)不同基因序重組類型的打分矩陣給出兩兩基因組基因序比對(duì)后的基因序重組距離，利用Phylip軟件的Neighbor程序構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生樹，從而得到不同物種之間基于基因序重組數(shù)據(jù)的系統(tǒng)發(fā)生關(guān)系。研究中根據(jù)基因序的兩兩比對(duì)的結(jié)果總結(jié)了后生動(dòng)物線粒體基因組基因序中6種類型的基因序重組的基本規(guī)律，對(duì)綠色植物葉綠體基因組基因序主要從保守的基因簇、反向倒置重復(fù)片段和共有基因簇這三個(gè)方面進(jìn)行了總結(jié)。本研究選取了32種后生動(dòng)物