壯體長春鳊線粒體基因組全長測定及團頭魴密碼子偏好模型分析.pdf

1、壯體長春鳊（Parabramis pekinensis strenosoma）與團頭魴（Megalobramaamblycephala）都是我國生長快、抗病強、營養(yǎng)價值高的人工養(yǎng)殖優(yōu)質草食性魚類。壯體長春鳊作為長春鳊的一個亞種，具有優(yōu)良的肥滿度等生長特性，因此有著更大的經濟價值和淡水養(yǎng)殖潛力。與此同時，壯體長春鳊的這種形態(tài)學變異是研究遺傳變異與表型差異的理想生物材料。團頭魴天然群體由于其生境被人為污染破壞和不合理的捕撈，已顯現(xiàn)出種群生物

2、量驟減、體形驅小等狀況;另外，其養(yǎng)殖群體由于近親交配，也出現(xiàn)了生長速度變慢、性成熟個體變小和抗病力變差等情況。為了長春鳊和團頭魴種業(yè)的科學發(fā)展，其種質資源保護和遺傳改良等相關研究工作已顯得非常重要。然而目前對壯體長春鳊的線粒體基因組分子數據報道甚少，團頭魴甚至魚類基因組學層面的密碼子偏好模型研究分析也沒有報道。
　　(1)基于近源物種長春鳊設計14對引物，對壯體長春鳊線粒體全基因進行了擴增和序列分析，其全長16，623bp，A+T

3、堿基占55.93％，表現(xiàn)一定A+T堿基偏好性，共含有37個基因和2個主要的非編碼區(qū)，其的位置排列與已公布的其他大部分鯉科魚類基本相一致，通過比較分析其與長春鳊核苷酸相似度高，屬內分化不明顯;基于13個蛋白編碼基因的鲌亞科系統(tǒng)發(fā)育樹基本可靠，屬內物種聚類較好與形態(tài)學分類基本一致。
　　(2)基于14種魚白亞科線粒體基因組數據，分析了團頭魴密碼子使用偏好性及與其它鲌亞科魚類使用的差異，團頭魴對密碼子的使用有著較強偏好性，發(fā)現(xiàn)了有25偏

4、好性的密碼子，在同義密碼子使用中，團頭魴更偏好使用A結尾的密碼子;團頭魴與長春鳊、大眼華鳊密碼子使用偏好差異較小，與餐、海南鲌、翹嘴鲌、紅鰭原鲌差異略大與寡鱗飄魚差異最大，差異大小與親緣關系相一致，密碼子的偏好較好的反映了鲌亞科魚類的進化關系。
　　(3)基于團頭魴RNA-seq數據對密碼子和密碼子對使用偏好進行了全面分析。識別出了5個高頻密碼子，而NUA和NCG密碼子使用頻率較低。此外還識別出了724個高頻密碼子對，其編碼335

5、個氨基酸對;和14個偏好使用與199避免使用密碼子對。密碼子使用在基因不同位置有較大異質性，靠近起始和終止密碼子附近的異質性最大，且有保守的側翼序列或相鄰密碼子。基因間的密碼子使用偏好主要有GC3驅使，有6個GO分類和甲基化調節(jié)受基因GC3的影響。脊椎動物的密碼子模型都有著物種差異性且與進化地位有關，使用密碼子對的偏好對脊椎動物的進化估計更加準確。
　　本研究為評估利用壯體長春鳊種質資源，探究屬內遺傳變異及相關育種工作提供了分子資