結腸癌甲基化標記的可重復性與功能研究.pdf

1、癌癥是一種復雜的多階段疾病，基因突變、拷貝數(shù)的改變、microRNA和表觀遺傳學等因素的改變都能導致癌癥的發(fā)生。DNA甲基化是表觀遺傳學最主要的一種形式，異常的DNA甲基化在癌癥的發(fā)生過程中起著至關重要的作用。隨著高通量技術的發(fā)展，DNA甲基化芯片已被廣泛地應用于癌癥研究中。識別癌癥中的異常DNA甲基化基因不僅可以幫助了解癌癥發(fā)生的生物學機制，且有利于癌癥的診斷和治療。在過去關于生物學標記的研究中，同種癌型的不同實驗中發(fā)現(xiàn)的生物學標記的

2、交疊比例通常都很低，因此在運用DNA甲基化作為疾病標志前需要對其重復性進行充分的評價。有工作提出雖然基因標記本身不交疊，但是它們可能都影響相同的生物學功能。故在評價差異甲基化基因重復性時，我們認為應考慮基因在生物學功能上的一致性而非表面上的交疊基因所占的比例。另外，已有研究發(fā)現(xiàn)癌癥中高低甲基化是相互獨立的過程，但是基因啟動子區(qū)域的異常低甲基化的生物學功能還不明確，所以我們分開研究高低甲基化作用的功能差異。
　　本文首先從位點和基因

3、兩個層面，對兩套結腸癌甲基化數(shù)據(jù)找到的差異甲基化基因重復性評價，發(fā)現(xiàn)直接的差異甲基化標記重復性不高，但是它們的改變方向高度一致；接著，我們從功能的角度出發(fā)，設計了功能重復性指標POE值評價差異甲基化基因列表的可重復性，發(fā)現(xiàn)差異甲基化基因具有高度的功能可重復性，該結果說明在功能水平上評估差異甲基化基因的一致性具有合理性；最后，通過對高低甲基化基因富集功能的比較，我們發(fā)現(xiàn)結腸癌基因組中的高甲基化基因主要影響發(fā)育過程，而低甲基化基因則主要影響