多群體全基因組關(guān)聯(lián)性分析鑒別母豬繁殖性狀的遺傳位點(diǎn).pdf

1、母豬繁殖性能是影響生豬產(chǎn)業(yè)生產(chǎn)效率的重要經(jīng)濟(jì)性狀，本研究旨在通過全基因組關(guān)聯(lián)性分析鑒別影響母豬總產(chǎn)仔數(shù)(total number of born piglets，TNB)、產(chǎn)活仔數(shù)(number of born alive piglets，NBA)、乳頭數(shù)(teat number)和黃體數(shù)(number ofcorpus luteum，TCL)的關(guān)聯(lián)性遺傳位點(diǎn)。
　　實(shí)驗(yàn)群體包括擁有242頭總產(chǎn)仔數(shù)和產(chǎn)活仔數(shù)表型數(shù)據(jù)、291頭在2

2、40日齡屠宰有黃體數(shù)表型及1743頭有乳頭數(shù)記錄的白色杜洛克×二花臉F2資源家系群體，僅有乳頭數(shù)記錄的320頭二花臉豬和340頭蘇太群體?；蛐蛿?shù)據(jù)由Illumina porcine60K SNP芯片直接判定的基因型和基于微衛(wèi)星的基因型推斷60K SNP基因型結(jié)果整合而來。通過Plink軟件對(duì)SNP基因型進(jìn)行質(zhì)控，QQ-plot檢測群體層化效應(yīng)，利用R語言GenABEL軟件包中的混合線性模型進(jìn)行全基因組關(guān)聯(lián)性分析，采用Bonferron

3、i方法確定顯著關(guān)聯(lián)性閾值，分別定位影響白色杜洛克×二花臉F2資源家系、二花臉及蘇太豬群體中影響母豬繁殖性能的染色體位點(diǎn)，再運(yùn)用生物信息學(xué)和比較基因組學(xué)的分析手段從Ensembl和NCBI網(wǎng)站上搜尋顯著關(guān)聯(lián)性區(qū)域中可能的候選基因。相關(guān)性分析結(jié)果顯示總產(chǎn)仔數(shù)和產(chǎn)活仔數(shù)之間存在強(qiáng)正向相關(guān)性。QQ-plot結(jié)果顯示分析中不存在明顯的整體系統(tǒng)偏差和明顯的群體層化效應(yīng)。全基因組關(guān)聯(lián)性分析共鑒別到33個(gè)與母豬繁殖性能顯著相關(guān)的位點(diǎn)，其中有3個(gè)位于7號(hào)

4、染色體上的SNP與總產(chǎn)仔數(shù)、5個(gè)位于7號(hào)染色體上的SNP與產(chǎn)活仔數(shù)、1個(gè)位于8號(hào)染色體上的SNP與黃體數(shù)以及24個(gè)位于1號(hào)、7號(hào)和12號(hào)染色體上的SNP與乳頭數(shù)分別顯著相關(guān)，且總產(chǎn)仔數(shù)和產(chǎn)活仔數(shù)兩個(gè)性狀的關(guān)聯(lián)性區(qū)域高度重疊。薈萃分析中并沒有發(fā)現(xiàn)新的關(guān)聯(lián)性信號(hào)或者信號(hào)水平加強(qiáng)的位點(diǎn)。經(jīng)過位置功能篩選，MEP1A和SPINK2基因確定為分別影響產(chǎn)仔數(shù)和黃體數(shù)的位置功能候選基因，VRTN和KDM6B基因?yàn)橛绊懭轭^數(shù)的重要位置功能候選基因。研究