洋蔥鱗莖類黃酮類化合物含量及其轉(zhuǎn)錄組分析.pdf

1、本研究以三種不同顏色的洋蔥品種‘W1201’（紅皮）、‘W470’（黃皮）、‘628’（白皮）的鱗莖為材料，比較了三者之間黃酮、花青素含量及其抗氧化活性之間的差異，并對黃酮、花青素含量與抗氧化活性之間的相關(guān)性進行了分析。此外，以洋蔥品種‘W470’新鮮幼嫩的根、鱗莖、葉片為試驗材料，比較了4種不同RNA提取方法提取洋蔥不同組織總RNA的效果，旨在探討洋蔥不同組織的總RNA提取的最優(yōu)方法。采用IlluminaHiSeqTM2000平臺對上

2、述三種顏色洋蔥鱗莖組織進行測序并將測序結(jié)果進行生物信息學分析，對其差異表達基因進行挖掘、探討了類黃酮生物合成途徑差異表達基因的表達情況。進而，基于轉(zhuǎn)錄組測序所得數(shù)據(jù)開發(fā)SSR、SNP標記，以期在后續(xù)的研究中利用SSR、SNP標記開展洋蔥種質(zhì)資源遺傳多樣性評價以及分子標記輔助育種的研究。取得的各項研究結(jié)果如下:
　　1.‘W1201’、‘W470’、‘628’的花青素含量分別為29.99±1.19，9.64±1.30和0.75±0.

3、40 mg·100g-1;黃酮含量分別為111.10±5.98，36.64±3.59和0 mg·100g-1。紫皮和黃皮洋蔥中測定出飛燕草色素-3，5-雙葡萄糖苷，矢車菊素-3，5-雙葡萄糖苷、矢車菊素-3-葡萄糖苷和矢車菊素-3-(6’丙二?；?-吡喃葡萄糖苷等4種類型的花青素以及槲皮素和槲皮素-3-葡萄糖苷等2種類型的黃酮。通過測量DPPH、ABTS+和FRAP活性表明花青素、黃酮和多酚與抗氧化活性間均顯著正相關(guān)。
　　2.凝

4、膠電泳分析顯示除了Tiangene試劑盒不能提取洋蔥根的總RNA，其他方法在洋蔥不同組織長均可提取到不同質(zhì)量的RNA。對不同方法提取洋蔥RNA質(zhì)量濃度和純度的進行檢測結(jié)果表明，TaKaRa試劑盒提取洋蔥葉片總RNA的濃度為342.31μg·g-1;pBiozol法提取洋蔥鱗莖和根的總RNA的質(zhì)量濃度分別為1119.39μg·g-1和171.85μg·g-1。經(jīng)RT-PCR驗證，TaKaRa試劑盒提取的洋蔥葉片總RNA以及pBiozol法

5、提取洋蔥鱗莖和根的總RNA均成功擴出洋蔥β-actin基因片段。TaKaRa試劑盒適宜提取洋蔥葉片的總RNA，pBiozol法適宜提取洋蔥鱗莖和根的總RNA。
　　3.通過對‘W1201’（紅皮）、‘W470’（黃皮）、‘628’（白皮）洋蔥鱗莖組織轉(zhuǎn)錄組進行測序，將過濾后得到的43325054640核苷酸堿基(nt)進行轉(zhuǎn)錄組從頭組裝。組裝后共得到111558個Unigene，將這些Unigene序列分別到數(shù)據(jù)庫 NR、KEGG

6、、COG和GO中進行注釋，共注釋上54138個Unigene。對以上三者間差異表達基因進行分析表明差異基因在三個對比之間的表達趨勢有所不同。注釋到類黃酮生物合成途徑中差異表達基因數(shù)量的分別為12(Red-VS-White)、18(White-VS-Yellow)、10(Yellow-VS-Red)條。此外，基于轉(zhuǎn)錄組測序所得數(shù)據(jù)，開發(fā)SSR、SNP標記，共計獲得了5767個SSR位點，轉(zhuǎn)換總數(shù)329659以及顛換總數(shù)145540的SNP