基于JAVA的林木生物信息系統(tǒng)設(shè)計與實(shí)現(xiàn)——以毛果楊蛋白質(zhì)序列為例.pdf

1、在后基因組時代，由于生物信息學(xué)的快速發(fā)展，生物信息數(shù)據(jù)呈指數(shù)級增長，生物信息數(shù)據(jù)庫系統(tǒng)中的數(shù)據(jù)日益龐大，這為某一專業(yè)領(lǐng)域的研究提供了更多的研究數(shù)據(jù)，但在浩瀚如海的數(shù)據(jù)庫中查找并篩選與研究領(lǐng)域相關(guān)的數(shù)據(jù)會耗費(fèi)研究者大量的時間與精力。因此，根據(jù)自己的研究需求與特點(diǎn)建立自己的生物信息系統(tǒng)成為每個研究領(lǐng)域的重要課題，以便實(shí)現(xiàn)對數(shù)據(jù)的有效管理和分析。森林資源信息化管理可以有效提高森林可持續(xù)經(jīng)營與經(jīng)濟(jì)生態(tài)效益，隨著現(xiàn)代科技的快速發(fā)展，林業(yè)資源日趨減

2、少，為了實(shí)現(xiàn)林業(yè)資源經(jīng)營的可持續(xù)發(fā)展，需要對森林資源進(jìn)行科學(xué)有效的管理。森林的生物信息資源的管理是森林資源信息化管理的重要方面，將宏觀與微觀相結(jié)合，形成一個由內(nèi)到外、標(biāo)本兼管的森林資源信息化管理系統(tǒng)。
　　本研究就此問題設(shè)計并建立了林木生物信息系統(tǒng)（以毛果楊蛋白質(zhì)序列為例），用于系統(tǒng)地整合并存儲各數(shù)據(jù)庫（如PIR、SwissProt、TrEMBL、NCBI等）中林木蛋白質(zhì)序列及序列信息以及實(shí)驗中得到的楊樹蛋白質(zhì)信息以及對數(shù)據(jù)進(jìn)行簡

3、單的處理。本系統(tǒng)使用的MySQL是當(dāng)下最熱門的、開源的且具有較好的靈活性及可擴(kuò)展性的數(shù)據(jù)庫關(guān)系型數(shù)據(jù)庫，而且其簡單易學(xué)且使用成本低。搭建平臺服務(wù)器主要使用了框架——Spring MVC、Ibatis:Spring是一個十分優(yōu)秀的輕量級的DI和AOP容器框架，可以很好的集成支持當(dāng)前主流框架，如Struts2、Hibernate等，并且可以提供眾多服務(wù)，如事務(wù)管理、WS等，使用Spring的IOC容器可將對象之間的依賴關(guān)系交給Spring，

4、降低組件之間的耦合性，而DI機(jī)制則可以降低對象替換的復(fù)雜性;Ibatis是一個十分優(yōu)秀的持久層框架，是一個半自動化的ORM實(shí)現(xiàn)，具有很大的靈活性，易于學(xué)習(xí)使用，通過文檔和源代碼，可以較完全的掌握它的設(shè)計思路和實(shí)現(xiàn)。客戶端則使用了當(dāng)前主流的CSS+DIV的布局方式，將表現(xiàn)和內(nèi)容分離，提高頁面瀏覽速度，使用Jquery等前端框架，能更方便地處理HTML documents、events、實(shí)現(xiàn)動畫效果，并且方便地為網(wǎng)站提供AJAX交互。