計(jì)算化學(xué)e-Science腳本編輯環(huán)境設(shè)計(jì)與實(shí)現(xiàn).pdf

1、e-Science主要研究科學(xué)領(lǐng)域的全球合作以及與之相適應(yīng)的基礎(chǔ)體系結(jié)構(gòu)，它將對(duì)未來(lái)的科學(xué)研究方式產(chǎn)生革命性的影響。網(wǎng)格(Grid)是使e-Science成為可能的基礎(chǔ)體系結(jié)構(gòu)。計(jì)算化學(xué)網(wǎng)格平臺(tái)則是該種體系結(jié)構(gòu)在計(jì)算化學(xué)領(lǐng)域的應(yīng)用。目前，計(jì)算化學(xué)網(wǎng)格平臺(tái)的研究在國(guó)際上得到了越來(lái)越多的重視，如劍橋大學(xué)分子信息學(xué)中心，法蘭克福大學(xué)，Accelerys公司和IBM公司等重要研究機(jī)構(gòu)和企業(yè)已經(jīng)開(kāi)始投入大量的人力和物力對(duì)計(jì)算化學(xué)網(wǎng)格系統(tǒng)聯(lián)合進(jìn)行開(kāi)

2、發(fā)。與國(guó)外相比，國(guó)內(nèi)有關(guān)計(jì)算化學(xué)網(wǎng)格平臺(tái)方面的研究剛剛起步，還沒(méi)有一個(gè)完整的計(jì)算化學(xué)網(wǎng)格系統(tǒng)。計(jì)算化學(xué)e-Science研究與示范應(yīng)用項(xiàng)目是國(guó)內(nèi)第一個(gè)計(jì)算化學(xué)網(wǎng)格應(yīng)用項(xiàng)目，它是由蘭州大學(xué)、清華大學(xué)、巴黎第七大學(xué)共同承擔(dān)的國(guó)家自然科學(xué)基金委支持的重大研究計(jì)劃“以網(wǎng)絡(luò)為基礎(chǔ)的科學(xué)活動(dòng)環(huán)境研究”項(xiàng)目。本項(xiàng)目的目的是構(gòu)建一個(gè)計(jì)算化學(xué)e-Science應(yīng)用系統(tǒng)(e-Science on Chemisty，簡(jiǎn)稱eSOC應(yīng)用系統(tǒng))，使之成為一個(gè)基于現(xiàn)

3、有網(wǎng)格標(biāo)準(zhǔn)的計(jì)算化學(xué)資源共享、學(xué)術(shù)研究與交流的虛擬平臺(tái)。 本論文的研究目標(biāo)是設(shè)計(jì)并實(shí)現(xiàn)eSOC應(yīng)用系統(tǒng)的功能插件——計(jì)算化學(xué)e-Science腳本編輯環(huán)境。該插件專注于解決計(jì)算任務(wù)輸入問(wèn)題和為有效利用網(wǎng)格化共享資源提供接口。本文在論述了集成開(kāi)發(fā)環(huán)境特點(diǎn)，分析了網(wǎng)格應(yīng)用需求，探討了國(guó)內(nèi)外化學(xué)腳本編輯環(huán)境現(xiàn)狀的基礎(chǔ)上，針對(duì)計(jì)算化學(xué)領(lǐng)域流行計(jì)算化學(xué)應(yīng)用軟件的網(wǎng)格化應(yīng)用需求，介紹了eSOC應(yīng)用系統(tǒng)的總體架構(gòu)，提出了計(jì)算化學(xué)e-Scien

4、ce腳本編輯環(huán)境系統(tǒng)的軟件體系架構(gòu)，并提供了Gaussian腳本編輯環(huán)境系統(tǒng)的實(shí)現(xiàn)。計(jì)算化學(xué)e-Science腳本編輯環(huán)境系統(tǒng)為化學(xué)家使用不同的計(jì)算化學(xué)資源提供了對(duì)應(yīng)的腳本編輯工具和圖形化輸入界面，該系統(tǒng)具有語(yǔ)法檢查、代碼自動(dòng)補(bǔ)全、內(nèi)容提示、語(yǔ)法著色等功能。該應(yīng)用作為一個(gè)優(yōu)秀的編輯環(huán)境，擁有易用的工程向?qū)?，功能豐富的編輯器，可以大大方便工程文件的創(chuàng)建，加快計(jì)算化學(xué)應(yīng)用任務(wù)的開(kāi)發(fā)速度，提高工作效率。 本文的主要工作及研究成果如下：

5、 1.結(jié)合eSOC整體系統(tǒng)架構(gòu)，借鑒集成開(kāi)發(fā)環(huán)境的架構(gòu)及其編輯環(huán)境特性，提出了計(jì)算化學(xué)e-Science腳本編輯環(huán)境的框架設(shè)計(jì)。 2.對(duì)高斯腳本語(yǔ)言學(xué)習(xí)研究，并抽象。根據(jù)Gaussian腳本語(yǔ)言標(biāo)準(zhǔn)提供的語(yǔ)法列出一個(gè)上下文無(wú)關(guān)文法，然后對(duì)其消除歧義(二義性)、消除左遞歸、消除公共前綴。最后將該文法以擴(kuò)展巴科斯范式格式描述出來(lái)，提交給ANTLR，生成遞歸下降分析器。 3.研究Eclipse插件開(kāi)發(fā)機(jī)制、JFace文