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1、洋蔥(Allium capa L.)是二年生草本植物,染色體數(shù)為2n=2x=16,是典型的異花授粉作物。
目前,洋蔥基因組方面的信息還不是很完善。本研究中,對(duì)洋蔥鱗莖、根和葉片3個(gè)不同組織中基因的差異表達(dá)進(jìn)行了分析。通過Illumina HiseqTM2000平臺(tái)測(cè)序得到初始序列,過濾后共有42683250060個(gè)核苷酸堿基(nt)進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組從頭組裝。最終獲得106932個(gè)Unigene,總長(zhǎng)度為84940057 nt,平均長(zhǎng)
2、度為794 nt,N50達(dá)到了1240 nt。將序列比對(duì)到數(shù)據(jù)庫(kù)NR、KEGG和COG中分別注釋到52197、31383和20498個(gè),有36536個(gè)Unigene在GO上得到注釋,主要分為生物過程,分子功能和細(xì)胞組分3類。所有注釋上的Unigene有55017個(gè)。以組裝出的Unigene作為參考序列,通過SSR分析,得到5959個(gè)SSR。另外,還得到了每個(gè)樣品的SNP位點(diǎn)并進(jìn)行了分析。通過比對(duì)蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)和ESTScan預(yù)測(cè)得到了565
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