中國漢族人群原發(fā)免疫性血小板減少癥的全基因組關(guān)聯(lián)研究.pdf

1、背景:原發(fā)免疫性血小板減少癥(primary immune thrombocytopenia,ITP)是一種原因不明的、以血小板減少為特征的自身免疫性疾病。我國成人 ITP的年發(fā)病率約為(5~10)/10萬,女性患者明顯多于男性。近年來,研究表明 ITP可能由免疫、多重微效基因和環(huán)境因素共同導(dǎo)致,但其發(fā)病機(jī)制仍然不清。迄今為止,研究者采用候選基因法發(fā)現(xiàn)50種與ITP顯著關(guān)聯(lián)的候選基因,但這些基因僅能解釋小部分 ITP的遺傳發(fā)病機(jī)制。雖然

2、國內(nèi)外研究者在 ITP的遺傳學(xué)發(fā)病機(jī)制方面已取得一定的成果,但是目前尚未有研究采用全基因組關(guān)聯(lián)分析(genome-wide associated study,GWAS)策略對(duì)ITP進(jìn)行遺傳易感性分析,而本實(shí)驗(yàn)將彌補(bǔ)這一空白。
　　目的:本研究選取中國漢族ITP患者為研究對(duì)象,應(yīng)用GWAS策略尋找ITP可靠的易感位點(diǎn),并驗(yàn)證最顯著的易感位點(diǎn)與 ITP的關(guān)聯(lián)性,以期進(jìn)一步豐富ITP的遺傳學(xué)發(fā)病機(jī)制。
　　方法:采用病例-對(duì)照研究

3、方法,收集200例ITP患者和200例與病例組年齡、性別、種族相匹配的對(duì)照者。提取所有受試者外周靜脈抗凝血的全基因組DNA,構(gòu)建DNA混合池。利用Illumina Human OmniZhonghua-8基因芯片對(duì)DNA混合池行單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)(single nucleotide polymorphisms,SNPs)檢測(cè),運(yùn)用生物信息學(xué)方法篩選顯著差異的SNPs,應(yīng)用TaqMan探針法驗(yàn)證這些顯著SNPs與ITP的關(guān)聯(lián)性,并結(jié)合基因

4、富集分析初步探討其生物學(xué)功能。
　　結(jié)果:(1)人類全基因組芯片篩選出860,720個(gè)SNPs,經(jīng)Bonferroni法校正顯示4個(gè)SNPs(rs117503120、rs5998634、rs4483616和rs16866133)達(dá)到本次 GWAS的顯著性差異閾值( P<5.8×10-8),與之匹配的基因?yàn)镚BE1-LOC728290、ODZ4、SYN3-TIMP3、RBM45-OSBPL6;(2)TaqMan探針法驗(yàn)證結(jié)果顯示 r

5、s5998634位點(diǎn)對(duì) ITP的發(fā)病起風(fēng)險(xiǎn)作用,而 rs117503120和rs16866133對(duì)ITP的發(fā)病起保護(hù)作用;(3)以P<10-5為閾值選取287個(gè)基因進(jìn)行基因富集分析,結(jié)果顯示3條重要的信號(hào)通路(Pathway in cancer、JAK-STAT signaling pathway和Neuroactive ligand-receptor interaction)參與ITP的發(fā)病機(jī)制。
　　結(jié)論:本研究首次對(duì)ITP進(jìn)