天然無(wú)規(guī)蛋白識(shí)別的分子機(jī)制研究.pdf

1、天然無(wú)規(guī)蛋白是自然狀態(tài)下結(jié)構(gòu)不規(guī)則的蛋白質(zhì)，它們?cè)诩?xì)胞普遍存在，參與分子識(shí)別、化學(xué)修飾和分子伴侶等過(guò)程。無(wú)規(guī)蛋白的結(jié)構(gòu)柔性使它們與靶分子的識(shí)別結(jié)合比規(guī)則蛋白具有明顯的優(yōu)勢(shì)。但是，目前關(guān)于無(wú)規(guī)蛋白的識(shí)別機(jī)制還不是很清楚，因此我們利用分子動(dòng)力學(xué)模擬（MD）來(lái)研究無(wú)規(guī)蛋白p53和CBP的相互作用。腫瘤抑制因子p53的轉(zhuǎn)錄活化子域（TAD）和環(huán)磷酸腺苷響應(yīng)元件結(jié)合蛋白（CBP）的細(xì)胞核受體共活化子域（NCBD）的結(jié)合可以調(diào)節(jié)細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄和翻譯。N

2、MR實(shí)驗(yàn)證明游離態(tài)NCBD和TAD都是天然無(wú)規(guī)的，它們經(jīng)過(guò)構(gòu)象轉(zhuǎn)變形成了規(guī)則的復(fù)合物結(jié)構(gòu)。NCBD和TAD在結(jié)合態(tài)和游離態(tài)的RMSD均值分析以及Kolmogorov-Smirnov假設(shè)檢驗(yàn)說(shuō)明局部TAD和NCBD的識(shí)別可能是誘導(dǎo)契合機(jī)制。量化分析的結(jié)果表明 NCBD和TAD整體結(jié)構(gòu)的結(jié)合主要服從構(gòu)象選擇機(jī)制。解折疊動(dòng)力學(xué)和能量等高線圖分析進(jìn)一步證明NCBD和TAD的識(shí)別是整體構(gòu)象選擇和局部誘導(dǎo)契合機(jī)制。這些研究方法可用來(lái)分析其他無(wú)規(guī)蛋白