群體分析工具包的并行設(shè)計(jì)與實(shí)現(xiàn).pdf

1、隨著生物數(shù)據(jù)量逐年急劇增長(zhǎng)，生物大數(shù)據(jù)處理技術(shù)顯得越來(lái)越重要。如何針對(duì)特定生物數(shù)據(jù)設(shè)計(jì)并行算法以提高算法運(yùn)行效率成為研究熱點(diǎn)之一。本文采用OpenMP技術(shù)，針對(duì)一系列群體分析工具設(shè)計(jì)并實(shí)現(xiàn)了相應(yīng)并行算法，使得大豆數(shù)據(jù)處理效率得以提高。
　　本文以大豆的基因變異信息作為主要的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)，對(duì)基于F統(tǒng)計(jì)的種群分析工具、GWAS中魯棒性關(guān)系推理工具和關(guān)聯(lián)性分析工具分別進(jìn)行并行化研究。F統(tǒng)計(jì)工具通過(guò)讀取vcf源文件和兩個(gè)種群文件，對(duì)兩種文件中

2、的個(gè)體名做比對(duì)，提取有效生物信息并計(jì)算出種群間的關(guān)系值，進(jìn)而得到兩個(gè)種群的分化程度。GWAS中魯棒性關(guān)系推理工具，主要通過(guò)對(duì)vcf源文件中的GT值進(jìn)行截取，得出原始數(shù)據(jù)并進(jìn)行相應(yīng)運(yùn)算，從而得出每?jī)蓚€(gè)個(gè)體間的關(guān)系值，通過(guò)關(guān)系值可以對(duì)生物原有的系譜進(jìn)行填補(bǔ)，使生物間的關(guān)系更加完整。關(guān)聯(lián)性分析工具是通過(guò)對(duì)vcf原文件的讀取和預(yù)處理，再對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行比對(duì)，得出個(gè)體SNP雜合位點(diǎn)數(shù)和純合位點(diǎn)數(shù)，以此進(jìn)行計(jì)算，得出每?jī)蓚€(gè)個(gè)體間的關(guān)聯(lián)值，通過(guò)對(duì)關(guān)聯(lián)值做相