OMIM文本中疾病表型相似度挖掘算法研究.pdf

1、生物醫(yī)學(xué)文本挖掘的目的是借助文本挖掘技術(shù)幫助生物醫(yī)學(xué)研究者從海量文獻(xiàn)中更有效地找到所需信息、發(fā)現(xiàn)隱藏的生物醫(yī)學(xué)知識。
　　通過對孟德爾人類遺傳在線（OnlineMendelianInheritanceinMan，簡稱OMIM）進(jìn)行生物醫(yī)學(xué)文本挖掘，得到OMIM記錄中描述的表型相似度，并通過計(jì)算其相似度以及分析是后續(xù)的研究包括相關(guān)疾病的預(yù)測的基礎(chǔ)，有其十分重要科研意義。
　　本文主要通過對OMIM中包含人類疾病表型數(shù)據(jù)使用文本

2、挖掘的方法以發(fā)現(xiàn)功能上相關(guān)基因的表型之間反映出生物模塊互動(dòng)的相似性。分別利用基于向量空間的疾病表型相似度挖掘方法、基于情景模式的疾病表型相似度挖掘方法，通過這兩種方法得到OMIM文本中疾病表型的相似度。主要通過對OMIM文本中出現(xiàn)的關(guān)鍵動(dòng)詞進(jìn)行詞干還原以提高結(jié)果的精確度。通過使用WordNet的同義詞集（Synset）來細(xì)化相似度結(jié)果，利用基于WordNet的OMIM中實(shí)體描述詞相似度計(jì)算的方法對得到的疾病表型相似度結(jié)果進(jìn)行優(yōu)化。