人類(lèi)啟動(dòng)子識(shí)別算法研究.pdf

1、人類(lèi)基因草圖完成后,確定基因和它們的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)成為一個(gè)具有挑戰(zhàn)性的任務(wù)。啟動(dòng)子是基因表達(dá)調(diào)控的重要元件,在基因識(shí)別中具有關(guān)鍵作用。人類(lèi)啟動(dòng)子識(shí)別技術(shù)已成為目前的熱點(diǎn)研究領(lǐng)域,具有十分重要的理論意義與應(yīng)用價(jià)值。
　　 在閱讀大量文獻(xiàn)的基礎(chǔ)上,本文對(duì)人類(lèi)啟動(dòng)子識(shí)別技術(shù)進(jìn)行了研究,提出了兩種新的人類(lèi)啟動(dòng)子識(shí)別算法。
　　 提出了基于KL散度和BP神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的人類(lèi)啟動(dòng)子識(shí)別算法。該算法首先應(yīng)用KL散度提取分辨力最強(qiáng)的六聯(lián)體,將其出現(xiàn)

2、頻率作為組成成分特征；然后提取CpG島特征,并將其與組成成分特征相結(jié)合作為區(qū)分啟動(dòng)子和非啟動(dòng)子區(qū)域的特征向量；最后應(yīng)用BP神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)技術(shù)設(shè)計(jì)啟動(dòng)子分類(lèi)器。該分類(lèi)器由啟動(dòng)子.外顯子分類(lèi)器,啟動(dòng)子.內(nèi)含子分類(lèi)器和啟動(dòng)子-3’-UTR分類(lèi)器組成,每個(gè)分類(lèi)器都是一個(gè)BP神經(jīng)網(wǎng)絡(luò),綜合三個(gè)分類(lèi)器的結(jié)果來(lái)識(shí)別啟動(dòng)子序列。
　　 提出了基于兩級(jí)SVM分類(lèi)器的人類(lèi)啟動(dòng)子識(shí)別算法。該算法應(yīng)用支持向量機(jī)技術(shù)設(shè)計(jì)一個(gè)兩級(jí)SVM分類(lèi)器。第一級(jí)SVM分類(lèi)器

3、根據(jù)CpG島特征對(duì)DNA序列進(jìn)行分類(lèi),判別為非啟動(dòng)子的序列則送入第二級(jí)SVM分類(lèi)器作進(jìn)一步識(shí)別。第二級(jí)SVM分類(lèi)器由三個(gè)SVM子分類(lèi)器組成,即啟動(dòng)子-外顯子SVM子分類(lèi)器,啟動(dòng)子-內(nèi)含子SVM子分類(lèi)器和啟動(dòng)子-3’-UTR SVM子分類(lèi)器,各子分類(lèi)器根據(jù)組成成分特征識(shí)別啟動(dòng)子,通過(guò)三個(gè)子分類(lèi)器的結(jié)果來(lái)綜合預(yù)測(cè)啟動(dòng)子序列。最后將兩級(jí)SVM分類(lèi)器識(shí)別出的所有啟動(dòng)子序列作為最終的實(shí)驗(yàn)結(jié)果。
　　 實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明,本文提出的上述算法是有效