基于Cytoscape的癌癥信息整合網(wǎng)絡(luò)可視化插件的設(shè)計與實現(xiàn).pdf

1、隨著人類基因組計劃的完成和基因組測序技術(shù)的不斷發(fā)展，癌癥相關(guān)研究中產(chǎn)生了海量基因組數(shù)據(jù)，充分利用好這些數(shù)據(jù)資源進行數(shù)據(jù)挖掘，對于癌癥相關(guān)研究至關(guān)重要，同時，要使海量數(shù)據(jù)背后所承載的信息更加直觀地呈現(xiàn)在研究者的面前，就必須借助合適的可視化工具。因此，基于癌癥基因組等相關(guān)數(shù)據(jù)開發(fā)適合其特點的可視化工具便具有重要意義。
　　本文列舉了當(dāng)前主流的癌癥信息可視化工具，并分析了它們的可視化形式及優(yōu)缺點，然后根據(jù)研究需求開發(fā)一款基于Cytosc

2、ape3的癌癥信息整合網(wǎng)絡(luò)可視化插件。
　　本文闡述了基于Cytoscape3的癌癥信息整合網(wǎng)絡(luò)可視化插件的設(shè)計原理和實現(xiàn)細(xì)節(jié)。可視化插件基于藥物基因組學(xué)的研究內(nèi)容和研究步驟進行設(shè)計:對基因網(wǎng)絡(luò)進行聚類，并將聚類簇與基因-藥物-疾病網(wǎng)絡(luò)進行匹配并可視化展示，科研人員可以通過觀察藥物與基因、疾病的關(guān)聯(lián)，預(yù)測可能的新的藥物基因靶點;將整合的基因、藥物、疾病數(shù)據(jù)存入數(shù)據(jù)庫，用于信息查詢。其中對基因網(wǎng)絡(luò)的聚類操作采用MCODE算法和MCL

3、算法，聚類簇匹配結(jié)果用frame展示，對于密集的區(qū)域還可以通過雙擊結(jié)點提取子網(wǎng)絡(luò)另外展示。此外，還可以通過單擊結(jié)點展示結(jié)點的相關(guān)信息。
　　本插件用到的數(shù)據(jù)包括基因網(wǎng)絡(luò)，基因-藥物-疾病網(wǎng)絡(luò)等。基因網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)來源于UCSC Genome Browser獲取的基因互作數(shù)據(jù)，本文抽取出其中的基因?qū)Σ⑵湔沓蛇m于直接導(dǎo)入Cytoscape的網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)?；颉⑺幬?、疾病網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)來源于DrugBank，通過下載的數(shù)據(jù)中的小篇幅描述將藥物、癌癥