多元校正和蛋白質(zhì)翻譯后修飾位點(diǎn)預(yù)測(cè)中化學(xué)計(jì)量學(xué)研究.pdf

1、本文作者通過(guò)綜述當(dāng)前化學(xué)計(jì)量學(xué)領(lǐng)域中的熱點(diǎn)、難點(diǎn)問(wèn)題，選擇了化學(xué)計(jì)量學(xué)多元校正（定量）和以蛋白質(zhì)翻譯后修飾位點(diǎn)預(yù)測(cè)為對(duì)象的模式識(shí)別（分類）兩方面展開(kāi)了相關(guān)研究工作。在多元校正方面，本文作者從二維、三維到四維的角度分別對(duì)復(fù)雜體系的定量分析問(wèn)題在算法或應(yīng)用上進(jìn)行了探索性基礎(chǔ)研究。在蛋白質(zhì)翻譯后修飾位點(diǎn)預(yù)測(cè)方面，本文作者從二分類到多類的角度對(duì)蛋白質(zhì)翻譯后修飾位點(diǎn)預(yù)測(cè)作了部分研究工作。本論文的內(nèi)容主要涉及到以下幾個(gè)方面：
　　第一部分:多

2、元校正（第2章-第4章）
　　稠環(huán)芳烴主要來(lái)源于有機(jī)材料的不完全燃燒和熱分解，它廣泛存在于燃燒產(chǎn)品中，這其中就包括了卷煙煙氣。大多稠環(huán)芳烴均具有致癌性或能誘導(dǎo)突變作用，其中最典型的就是苯并[a]芘，它的致癌性最高，被國(guó)際癌癥機(jī)構(gòu)認(rèn)定為人類致癌物。因此，對(duì)卷煙主流煙氣中苯并[a]芘含量的監(jiān)測(cè)有助于我們對(duì)煙草質(zhì)量的控制以及評(píng)價(jià)其對(duì)人類健康危害。目前，對(duì)卷煙煙氣中苯并[a]芘含量測(cè)定的方法主要是基于色譜法分離后聯(lián)用各類檢測(cè)器檢測(cè)。此類方

3、法操作繁瑣，耗時(shí)長(zhǎng)，分析成本高，不利于作日常檢測(cè)手段。本文將中紅外光譜結(jié)合化學(xué)計(jì)量學(xué)用于開(kāi)發(fā)一種簡(jiǎn)單、快速和非破壞性的穩(wěn)健方法以對(duì)卷煙主流煙氣中苯并[a]芘的含量進(jìn)行測(cè)定。為了加強(qiáng)校正模型的預(yù)測(cè)能力，我們提出了離散粒子群-小波包變換-偏最小二乘(DPS O-WPT-PLS)新算法，并獲得令人滿意的結(jié)果。此外，與其它四種化學(xué)計(jì)量學(xué)算法相比較，數(shù)據(jù)分析結(jié)果顯示DPSO-WPT-PLS具有更優(yōu)異的性能。
　　β-胡蘿卜素是一種天然色素，

4、由于其富有營(yíng)養(yǎng)并且著色能力強(qiáng)，被聯(lián)合國(guó)糧農(nóng)組織和世界衛(wèi)生組織食品添加劑聯(lián)合專家委員會(huì)認(rèn)定的A類優(yōu)秀有營(yíng)養(yǎng)的食品添加劑。但是食用高劑量β-胡蘿卜素補(bǔ)充劑可能會(huì)產(chǎn)生不良反應(yīng)，甚至?xí)黾幽承┘膊〉陌l(fā)生機(jī)率。β-胡蘿卜素性質(zhì)穩(wěn)定、沸點(diǎn)較高，目前較多的使用高效液相色譜檢測(cè)技術(shù)進(jìn)行檢測(cè)，然而在實(shí)際的樣品檢測(cè)中，部分復(fù)雜樣品中會(huì)存在嚴(yán)重干擾從而導(dǎo)致較大的定量誤差。為解決此問(wèn)題，本文第3章將交替三線性分解算法(ATLD)與高效液相色譜-二極管陣列檢測(cè)器

5、(HPLC-DAD)相結(jié)合用于實(shí)際乳粉和飲料樣品中β-胡蘿卜素含量的測(cè)定。盡管實(shí)際乳粉和飲料樣品中有基質(zhì)干擾目標(biāo)物的分析，但采用ATLD算法解析色譜數(shù)據(jù)，利用“數(shù)學(xué)分離”增強(qiáng)“化學(xué)分離”，實(shí)現(xiàn)了未知干擾組分存在下對(duì)目標(biāo)物β-胡蘿卜素的定量分析。此外，HPLC-MS方法被用于驗(yàn)證結(jié)果的準(zhǔn)確性，結(jié)果表明，HPLC-MS方法與算法解析結(jié)果之間無(wú)顯著性差異。
　　氟喹諾酮類(Fluoroquinolones，F(xiàn)Qs)藥物是在污水和表層水體

6、中能夠被檢測(cè)出來(lái)的常見(jiàn)的一類抗生素。作為抗生素，F(xiàn)Qs藥物很難被微生物降解，在污水處理廠(Wastewater Treatment Plant，WWTP)的常規(guī)處理中難以完全消除。UV/H2O2高級(jí)氧化技術(shù)(Advanced oxidation technologies，AOTs)在處理難降解的有機(jī)物上具有獨(dú)特優(yōu)勢(shì)，因此有必要考查FQs藥物基于UV/H2O2高級(jí)氧化處理的降解行為。本文第4章采用了熒光光譜結(jié)合化學(xué)計(jì)量學(xué)多維校正法（包括三

7、維PARAFAC算法和四維PARAFAC算法）對(duì)水體系中氧氟沙星(OFL)和達(dá)氟沙星(DAN)這兩種FQs藥物基于UV/H2O2高級(jí)氧化處理的光解動(dòng)力學(xué)進(jìn)行了研究。實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明，本文采用的方法可同時(shí)實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè)OFL和DAN在環(huán)境水樣中的含量變化。值得注意的是，在實(shí)驗(yàn)條件優(yōu)化的過(guò)程中，我們用三維PARAFAC算法分別解析出了OFL和DAN在不同pH值下的熒光光譜形態(tài)分布，結(jié)果與文獻(xiàn)報(bào)道一致。此外，我們用三維PARAFAC算法還考查了H2O2

8、加入量對(duì)這兩種FQs藥物的降解速率的影響。熒光光譜結(jié)合化學(xué)計(jì)量學(xué)多維校正算法這種分析方法不僅節(jié)約樣品預(yù)處理時(shí)間，還能用于實(shí)驗(yàn)條件優(yōu)化，對(duì)復(fù)雜體系多組分實(shí)時(shí)定量分析，這對(duì)于監(jiān)測(cè)待分析物的動(dòng)力學(xué)過(guò)程具有潛在應(yīng)用價(jià)值。
　　第二部分:蛋白質(zhì)翻譯后修飾位點(diǎn)預(yù)測(cè)（第5章-第6章）
　　蛋白質(zhì)甲基化修飾是一種常見(jiàn)的蛋白質(zhì)翻譯后修飾，它在信號(hào)傳導(dǎo)、DNA修復(fù)等很多細(xì)胞進(jìn)程中起到非常巨大的作用。蛋白質(zhì)甲基化位點(diǎn)的識(shí)別在理解與之相關(guān)的生物過(guò)程

9、中的基本分子機(jī)理起到非常重要的作用。運(yùn)用生物信息學(xué)方法對(duì)蛋白質(zhì)甲基化位點(diǎn)進(jìn)行預(yù)測(cè)是一種強(qiáng)而有力的途徑，它方便、經(jīng)濟(jì)并快捷，對(duì)可能的蛋白質(zhì)甲基化位點(diǎn)的進(jìn)一步實(shí)驗(yàn)鑒定提供了便利。在本文第5章中，綜合了偽氨基酸組成成分(PseAAC)和蛋白質(zhì)鏈描述符來(lái)全局表征蛋白質(zhì)的序列信息，并運(yùn)用基于粒子群優(yōu)化的支持向量機(jī)算法對(duì)蛋白質(zhì)精氨酸甲基化位點(diǎn)進(jìn)行了預(yù)測(cè)。我們計(jì)算得到獨(dú)立預(yù)測(cè)集的準(zhǔn)確率、靈敏度、特異度和馬修斯相關(guān)系數(shù)分別為98.11％、96.23％、

10、100％和96.30％。這表明我們所提出的分析方法對(duì)蛋白質(zhì)精氨酸甲基化位點(diǎn)具有充分的預(yù)測(cè)效能。此外，我們還將其與基于不同的特征抽取或分類算法的其它預(yù)測(cè)工具進(jìn)行了比較，結(jié)果顯示我們所提出的方法在識(shí)別蛋白質(zhì)精氨酸甲基化位點(diǎn)方面具有更好的性能。
　　賴氨酸(K)翻譯后修飾可控制蛋白質(zhì)的活性并繼而影響人類疾病，因此識(shí)別賴氨酸(K)殘基翻譯后修飾的狀態(tài)是全面理解蛋白質(zhì)功能的基礎(chǔ)。然而，目前，靠實(shí)驗(yàn)檢測(cè)到的所有賴氨酸修飾位點(diǎn)對(duì)于通常研究的蛋白

11、組學(xué)僅僅只占一小部分。因此，用于賴氨酸修飾位點(diǎn)識(shí)別的計(jì)算機(jī)預(yù)測(cè)技術(shù)有可能為研究者提供關(guān)于這些修飾有價(jià)值的指導(dǎo)。目前，針對(duì)于研究得最廣泛的四種類型的賴氨酸翻譯后修飾（乙?；?、甲基化、泛素化和SUMO化修飾）位點(diǎn)預(yù)測(cè)問(wèn)題，研究者們已發(fā)展了不少計(jì)算機(jī)預(yù)測(cè)方法。但這些方法大都一次只針對(duì)一種類型的賴氨酸(K)修飾位點(diǎn)進(jìn)行預(yù)測(cè)，并沒(méi)有同時(shí)對(duì)蛋白上所有賴氨酸(K)殘基可能修飾的不同類型同時(shí)預(yù)測(cè)。在本文第6章中，我們嘗試運(yùn)用基于氨基酸序列的計(jì)算機(jī)預(yù)測(cè)方