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文檔簡介
1、背景與目的:結(jié)核病是由結(jié)核桿菌感染引起的慢性傳染性疾病。世界衛(wèi)生組織2016年全球結(jié)核病報告顯示,2015年全球新發(fā)結(jié)核病例1040萬,140萬人因結(jié)核病死亡。中國是結(jié)核病高負擔(dān)國家,病例數(shù)僅次于印度和印度尼西亞,位居第三。我國結(jié)核病疫情存在高感染率、高患病率、高耐藥率、高復(fù)發(fā)率、低發(fā)現(xiàn)率的特點。
傳統(tǒng)的流行病學(xué)研究方法在確認結(jié)核病傳染源及傳播規(guī)律方面往往存在局限性,而分子流行病學(xué)的發(fā)展則為結(jié)核病研究提供了有力武器,能夠有效追
2、蹤傳染源、發(fā)現(xiàn)結(jié)核桿菌傳播規(guī)律、識別重點人群,為結(jié)核病防治工作提供科學(xué)依據(jù)。
本次研究運用分子流行病學(xué)方法對連云港市傳染性肺結(jié)核病人臨床分離株進行基因分型,探討其遺傳多樣性、菌株成簇性及其與臨床特征等因素的關(guān)聯(lián)性,分析成簇菌株的地理位置分布及系統(tǒng)進化特點,為連云港市結(jié)核病防治提供科學(xué)依據(jù)。
方法:本研究選擇江蘇省連云港市為研究現(xiàn)場,以2013~2014年新診斷的痰培養(yǎng)陽性結(jié)核病患者為研究對象,收集人口學(xué)特征、臨床資料
3、、診治經(jīng)過等信息。本次研究包括兩個部分。第一部分采用數(shù)目可變串聯(lián)重復(fù)序列-結(jié)核桿菌散在重復(fù)單位(variable number tandem repeats-mycobacterial interspersed repetitive units,VNTR-MIRU)15位點組合方法對結(jié)核桿菌臨床分離株進行分子分型,探討其遺傳多樣性和特異指紋圖譜,分析連云港市結(jié)核病傳播規(guī)律及與臨床特征的關(guān)聯(lián)。VNTR-MIRU位點組合對菌株分辨力的判斷采
4、用Hunter-Gaston指數(shù)(Hunter-Gaston discriminatory index,HGDI)表示。第二部分在結(jié)核桿菌分子分型的基礎(chǔ)上,采用R語言pheatmap軟件包對數(shù)字化分型結(jié)果進行聚類分析,運用BioNumerics7.0軟件構(gòu)建最小生成樹,開展成簇性分析,并探討菌株成簇性影響因素。成簇風(fēng)險分析采用Logistic回歸模型,并用比值比(OR)及其95%可信區(qū)間(CI)表示。
結(jié)果:(1)對742株菌
5、株采用15位點VNTR-MIRU基因分型,結(jié)果顯示,總分辨力HGDI值為0.99998,其中遺傳多樣性最高的是Qub11b位點,h=0.763,遺傳多樣性最小的位點為ETRC,h=0.037。(2)成簇性分析發(fā)現(xiàn)菌株共聚成643個類,其中未成簇而形成的“唯一”類的共597個,145例成簇菌株形成46個簇,成簇比例為19.54%。成簇菌株中形成較大簇(所含菌株例數(shù)≥5例)的菌株比例為35.17%。將較大簇菌株病例的居住位置在地圖上標(biāo)注后,
6、呈現(xiàn)一定的地區(qū)聚集性,南北部均有特定基因型菌株聚集,大部分成簇菌株沿主干交通線分布。(3)菌株成簇性影響因素分析發(fā)現(xiàn),職業(yè)、治療結(jié)局等與菌株成簇性的關(guān)聯(lián)具有統(tǒng)計學(xué)意義,非農(nóng)民職業(yè)的患者感染株表現(xiàn)出更高的成簇風(fēng)險(調(diào)整OR=2.35,95%CI:1.33-4.15,P=0.003),不良治療結(jié)局的患者表現(xiàn)出較高的成簇風(fēng)險(調(diào)整OR=1.85,95%CI:1.00-3.45,P=0.050)。(4)對連云港市結(jié)核桿菌流行株構(gòu)建最小生成樹分析
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