家蠶蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)的創(chuàng)建和應(yīng)用.pdf

1、蛋白質(zhì)組學(xué)是后基因組時(shí)代的一門(mén)學(xué)科，它研究如何識(shí)別和量化的蛋白質(zhì)，并描述其功能，結(jié)構(gòu)和相互作用。蛋白質(zhì)組學(xué)的研究目標(biāo)使其相對(duì)于其它學(xué)科更需要有效的組織和獲取之前的實(shí)驗(yàn)或者理論文獻(xiàn)和數(shù)據(jù)。雙向電泳是蛋白質(zhì)組學(xué)研究的一種重要手段，一方面可以與各種鑒定方法，如質(zhì)譜相結(jié)合，系統(tǒng)地鑒定樣品中的蛋白質(zhì)，另一方面可以用來(lái)比較相關(guān)的樣品中的蛋白質(zhì)，如健康與病變組織的蛋白質(zhì)，或者同一組織中的蛋白質(zhì)在不同環(huán)境條件下的表達(dá)量變化情況，被廣泛用于蛋白質(zhì)組學(xué)研究

2、中。因此，對(duì)于雙向電泳數(shù)據(jù)的有效整理和歸納在蛋白質(zhì)組學(xué)研究中是一個(gè)重要的問(wèn)題。
　　 開(kāi)發(fā)和實(shí)現(xiàn)各種工具，以有效的訪(fǎng)問(wèn)和管理各種不同類(lèi)型的生物學(xué)信息是生物信息學(xué)的研究方向之一。蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)作為分子生物學(xué)中最早創(chuàng)建的數(shù)據(jù)資源，如今已包含了非常豐富的內(nèi)容。了解并能自如的運(yùn)用這些資源對(duì)于蛋白質(zhì)組學(xué)的研究工作，尤其是新的蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)的建立是很有必要的。另外，數(shù)據(jù)庫(kù)的建立也需要參照一些國(guó)際通用的標(biāo)準(zhǔn)，以方便其它研究者的查詢(xún)和引用。

3、r>　　 家蠶作為鱗翅目昆蟲(chóng)理想的模式生物，已經(jīng)建立完成了基因組精細(xì)圖譜，并且也積累了蛋白質(zhì)組學(xué)研究，尤其是雙向凝膠電泳上的許多數(shù)據(jù)。將這些數(shù)據(jù)歸類(lèi)整理并建庫(kù)，對(duì)家蠶蛋白質(zhì)組學(xué)研究有著非常重要的意義。
　　 因此，我們建立了家蠶蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)系統(tǒng)(SWPDB)，在吸收同類(lèi)型數(shù)據(jù)系統(tǒng)的特點(diǎn)基礎(chǔ)上，基于MySQL關(guān)系數(shù)據(jù)庫(kù)軟件，Ruby語(yǔ)言和Rails框架，對(duì)雙向電泳實(shí)驗(yàn)和圖譜，LC-MS/MS實(shí)驗(yàn)，和鑒定得到的蛋白質(zhì)的數(shù)據(jù)實(shí)現(xiàn)了快

4、速錄入，編輯已有數(shù)據(jù)，和數(shù)據(jù)展示，查詢(xún)功能。并且，數(shù)據(jù)庫(kù)實(shí)現(xiàn)了與家蠶基因組數(shù)據(jù)庫(kù)SilkDB2.0的整合和NCBI蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)索引的交叉引用功能。同時(shí)數(shù)據(jù)庫(kù)系統(tǒng)具有良好的權(quán)限控制粒度，可以設(shè)定用戶(hù)對(duì)數(shù)據(jù)庫(kù)中數(shù)據(jù)的編輯，添加，或者查看的權(quán)限;數(shù)據(jù)庫(kù)也集成了本地化的功能，可以將網(wǎng)頁(yè)以不同語(yǔ)言提供給用戶(hù)使用。
　　 同時(shí)，我們已經(jīng)收錄了家蠶大造品種(P50)胚胎形成期的卵，5齡第3天中部，后部絲腺，血液，中腸，表皮，氣管，精巢，5齡第5