基于SVM的結(jié)合肽預(yù)測(cè)算法及系統(tǒng)實(shí)現(xiàn).pdf

1、隨著生物恐怖主義、艾滋病及抗生素抵制的威脅，在過(guò)去的十年，對(duì)疫苗研究的關(guān)注在不斷增長(zhǎng)。MHCⅠ類結(jié)合肽可以激活細(xì)胞霉素T細(xì)胞，MHCⅡ類分子結(jié)合肽則作用于免疫反應(yīng)的開始、促進(jìn)和抑止過(guò)程。MHC結(jié)合肽是識(shí)別T細(xì)胞的先決條件，因此MHC結(jié)合肽的預(yù)測(cè)具有非常重要的理論意義與實(shí)用價(jià)值。 　　本文主要完成了下面工作：1.完成了結(jié)合肽預(yù)測(cè)系統(tǒng)的數(shù)據(jù)處理工作，包括數(shù)據(jù)的獲得、層次結(jié)構(gòu)的抽取以及MHCⅡ類的不等長(zhǎng)結(jié)合肽的預(yù)處理等；制定肽序列特征提取的

2、規(guī)則，根據(jù)結(jié)合肽和非結(jié)合肽各位點(diǎn)氨基酸的頻率信息計(jì)算各類MHC分子的結(jié)合度矩陣和相對(duì)差矩陣，并基于相對(duì)差閾值選取適當(dāng)?shù)慕Y(jié)合度值作為序列的主要特征；使用這些特征對(duì)序列集進(jìn)行向量化。2.對(duì)支持向量機(jī)(SVM)方法用于結(jié)合肽的預(yù)測(cè)進(jìn)行研究和探討，構(gòu)造了一個(gè)層迭式增量SVM。初步實(shí)驗(yàn)表明該層迭式增量模型在結(jié)合肽預(yù)測(cè)方面相對(duì)普通的SVM模型、以及常用的MHC預(yù)測(cè)算法SVMHC和SYFPEITHI有更好的預(yù)測(cè)準(zhǔn)確率。通過(guò)測(cè)試數(shù)據(jù)集大小對(duì)試驗(yàn)結(jié)果的影