基于OpenMP的遺傳退火算法的并行化.pdf

1、在生物學(xué)領(lǐng)域根據(jù)氨基酸序列預(yù)測蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)是一個復(fù)雜而具有挑戰(zhàn)性的問題。遺傳退火算法是結(jié)合遺傳算法和退火算法的優(yōu)點(diǎn)而形成的一種新算法。它克服了遺傳算法早熟早收斂、局部尋優(yōu)能力差的缺點(diǎn),同時也提高了模擬退火算法效率不高的問題。遺傳退火算法(GAA)是被應(yīng)用在AB非格點(diǎn)模型上的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(PSP)的最具代表性的算法之一,但是遺傳退火算法需要大規(guī)模和很長時間的計算。因此,尋找一些方法減少有關(guān)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測問題的計算時間和計算規(guī)模成了一項急迫

2、的任務(wù)。
　　 多核處理器的出現(xiàn),逐漸成熟的并行語言和可以直接運(yùn)行在雙核處理器電腦上的現(xiàn)存算法,這些為基于共享內(nèi)存的編程提供了一個良好的先決條件。OpenMP是基于共享內(nèi)存編程的工業(yè)標(biāo)準(zhǔn),它具有許多優(yōu)點(diǎn),如簡單性,可移植性和較好的可擴(kuò)展性。因此,大多數(shù)用戶喜歡使用OpenMP來提高算法的計算效率。
　　 本文提出了一種并行的模擬退火算法(GAA),此算法的目的是為提高蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測問題的計算速度。并行遺傳退火算法使用了粗