計算生物學中的兩個問題的研究.pdf

1、計算生物學中的兩個間題的研究摘要本文主要內(nèi)容包括以下幾方面:在第一章我們介紹了一些分子生物中的基礎知識。大多數(shù)后面要用到的術語和基本概念都在這里做了簡要的介紹。在第一章我們考慮了一種DNA序列的三維圖形表示以及它們的數(shù)值特征。并且以人類的8globin基因的第個外顯子為例說明了這種方法。然后基于這種表示，根據(jù)刀一globin基因的第個外顯子，分析了11個物種的相似性。在第三章我們用動態(tài)規(guī)劃算法尋求mRNA序列與蛋白質(zhì)序列的最優(yōu)局部對比和

2、全局對[匕。關鍵詞:DNALL矩陣，蛋白質(zhì)，mRNA，三維圖形表示計算生物學中的兩個問題的研究0前言自從1953年DNA結(jié)構(gòu)被揭示出來，分子生物學取得了巨大的進展。隨著我們對生物大分子序列操縱能力的增強，科研工作己經(jīng)產(chǎn)生并仍在產(chǎn)生大量的數(shù)據(jù)。處理來自全世界不同實驗室所產(chǎn)生的大量數(shù)據(jù)，并使其可用于進一步的科研，產(chǎn)生了全新的本質(zhì)上具有多學科交叉性質(zhì)的問題。生物科學家是這些數(shù)據(jù)的創(chuàng)造者和最終用戶。然而，由于數(shù)據(jù)的規(guī)模和復雜性，從創(chuàng)造到使用這些

3、都需要多學科特別是數(shù)學和計算機科學的參與。這種要求產(chǎn)生了一個新的領域，通常叫做計算分子生物學。廣義的講，計算分子生物學包括開發(fā)和使用數(shù)學與計算機技術，以幫助解決分子生物學中的問題〔221。其主要研究內(nèi)容包括:序列比較與數(shù)據(jù)庫搜索、片斷組裝、種系發(fā)生樹的構(gòu)建、基因組重排、分子結(jié)構(gòu)預測等。本文關注計算分子生物學中的兩個問題。1.序列的幾何圖形表示。一些研究者構(gòu)造了多種幾何圖形來表示生物序列，從圖形表示的方面來研究序列的信息和結(jié)構(gòu)。本文給出了