鴨1號(hào)染色體上功能基因的物理定位及其比較基因組學(xué)研究.pdf

1、應(yīng)用熒光原位雜交技術(shù)(Fluorescence in situ Hybridization，F(xiàn)ISH)構(gòu)建的物理圖譜及比較物理圖譜為生物的進(jìn)化研究及功能基因的克隆鑒定等提供了重要依據(jù)。為豐富鴨的物理圖譜及鴨與雞等模式生物的比較物理圖譜，本研究從NCBI序列數(shù)據(jù)庫中篩選了10個(gè)鴨的功能基因 (adiponectin receptor 2，ADIPOR2；Insulin-like growth factor 1，IGFl；very low

2、density apolipoprotein Ⅱ，apoVLDL-Ⅱ；T cell antigen CD4，CD4；histone H1 gene，H1；Toll-like receptor 7,TLR7； alpha-A-crystallin， APRAAC； cyclin-dependent kinase inhibitor, CDKN1B； glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase-like

3、 protein，GAPDH；Na+/K+ATPase betal，ATPlBl)，并設(shè)計(jì)特異PCR引物，利用四維二步PCR法從本實(shí)驗(yàn)室構(gòu)建的鴨BAC文庫中篩選含有目標(biāo)基因的BAC克隆，以鴨BAC DNA為探針、鴨胚成纖維細(xì)胞制備的中期染色體為雜交標(biāo)本，對(duì)上述10個(gè)鴨功能基因進(jìn)行物理定位。用10個(gè)基因的熒光原位雜交結(jié)果與鴨標(biāo)準(zhǔn)化G-帶模式圖比較，其定位結(jié)果為：ADIPOR2，lpl.1：IGFl，lpl.1-lpl.3；apoVLDL-

4、Ⅱ，lql.3-lq2.1；CD4，lql.2-lql.3；H1，lpl.6-lp2.1；TLR7，lq2.1-lq2-3；APRAAC，lq2.1-lq2.2；CDKNlB，lpl.1；GAPDH，lql.1；ATPlBl，lql.1-lql.2。 用這10個(gè)基因與雞上已經(jīng)進(jìn)行了物理定位的4個(gè)基因進(jìn)行比較，位于雞lpl.4-lq2.1這個(gè)區(qū)段上，分布于著絲粒兩側(cè)。相應(yīng)的鴨的這四個(gè)基因的定位結(jié)果位于鴨lpl.3-lq2.1的區(qū)段

5、上，說明雞1號(hào)染色體上的lpl.4-1q2.1區(qū)段同源于鴨1號(hào)染色體上的lpl.3-lq2.1區(qū)段。通過這10個(gè)基因在鴨1號(hào)染色體上的物理定位以及在雞1號(hào)染色體上的物理圖譜的相比較，可以看出這10個(gè)基因在鴨與雞1號(hào)染色體的同線性并不完全一致，位于著絲粒附近的3個(gè)基因ATPlBl、CD4和apoVLDL-Ⅱ的同線性發(fā)生了變化，而其它7個(gè)基因的同線性一致，說明鴨和雞的1號(hào)染色體上靠近著絲粒的區(qū)段在進(jìn)化過程中發(fā)生了重排，而遠(yuǎn)離著絲粒的區(qū)段基因

6、的排列順序相對(duì)比較保守。 以10個(gè)基因的物理定位結(jié)果與人和小鼠的物理圖譜相比較，ADIPOR2、CD4、GAPDH、CDKNlB四個(gè)基因相對(duì)比較集中，且分別定位于鴨1號(hào)染色體上lpl.1-lql.3區(qū)段、小鼠6號(hào)染色體上的6F1-6G2區(qū)段以及人12號(hào)染色體上的12p12.1-12p13.33區(qū)段。可初步說明這三個(gè)物種染色體上的這三個(gè)區(qū)段保守程度較高。但這4個(gè)基因在這3個(gè)物種上的同線性關(guān)系都不一致，可能是因?yàn)樵诼L的進(jìn)化的過程中