中蜂囊狀幼蟲病病毒（CSBV）基因組序列分析及其結構蛋白結構預測.pdf

1、中蜂囊狀幼蟲病病毒(CSBV)寄生于中華蜜蜂(Apiscerama)，對幼蟲危害甚大，可導致中華蜜蜂幼蟲死亡，對成蜂的行為和健康也有直接影響。CSBV屬于昆蟲小RNA樣病毒，基因組是單股正鏈ssRNA，使用末端快速擴增技術(RACE)獲得基因組末端序列。應用mfoldserver預測出基因組末端的二級結構，結果表明基因組5’端復雜的二級結構有利于病毒基因組的復制同時也便于VPg(viralpeptidelinkedtothegenome

2、)共價連接到基因組5’端上，3’端的二級結構起著穩(wěn)定基因組的作用。CSBV與同屬病毒啟動子附近RNA二級結構比較發(fā)現(xiàn)AUG附近的結構有很高的相似性，表明CSBV啟動子RNA二級結構對病毒蛋白的翻譯起著重要作用。 CSBV只有一個開放讀碼框(ORF)，翻譯出多聚蛋白后剪切成為病毒結構蛋白和非結構蛋白。非結構蛋白序列比對表明CSBV具有小RNA樣病毒所共有的保守序列，使用RNA依賴的RNA聚合酶(RdRp)氨基酸序列構建進化樹分析出

3、CSBV在小RNA病毒科中的系統(tǒng)進化關系。CSBV四個結構蛋白(VP1、VP2、VP3、VP4)之間的剪切位點尚不清楚，結合同屬其他病毒結構蛋白之間的剪切規(guī)律，應用神經(jīng)網(wǎng)絡算法在線預測出CSBV結構蛋白之間的剪切位點，再結合SDS-PAGE中結構蛋白的分子量獲得四個結構蛋白之間的剪切位點，得到VP1、VP2、VP3、VP4的氨基酸序列。使用Swiss-Model在線同源模建構建出結構蛋白的三維結構，同時使用軟件模擬出四個結構蛋白之間的相