基于假基因的膠質(zhì)瘤分子標(biāo)記和分子分型研究.pdf

1、本文主要從以下幾方面進(jìn)行論述：
　　第一部分 腦膠質(zhì)瘤預(yù)后相關(guān)的假基因分子標(biāo)記研究
　　目的：假基因被認(rèn)為是一個(gè)潛在的抑癌基因或癌基因，并在許多疾病發(fā)生發(fā)展中發(fā)揮作用，但其在膠質(zhì)瘤中扮演的角色目前尚未被探明。的研究旨在尋找與膠質(zhì)瘤預(yù)后相關(guān)的假基因標(biāo)記。
　　方法：選擇中國人腦膠質(zhì)瘤基因組學(xué)數(shù)據(jù)庫(CGGA)中的183例樣本的全基因組表達(dá)譜芯片數(shù)據(jù)，使用生物信息學(xué)的分析方法，分析并得到一組與腦膠質(zhì)瘤預(yù)后密切相關(guān)的假基因。

2、
　　結(jié)果：將CGGA數(shù)據(jù)庫作為試驗(yàn)分析庫，將腦腫瘤分子數(shù)據(jù)庫(REpository for Molecular BRAin Neoplasia DaTa，REMBRANDT)作為驗(yàn)證數(shù)據(jù)庫。發(fā)現(xiàn)了一組共6個(gè)具有膠質(zhì)瘤預(yù)后預(yù)測價(jià)值的假基因，以此為基礎(chǔ)建立了風(fēng)險(xiǎn)值估算公式，其風(fēng)險(xiǎn)值與膠質(zhì)瘤預(yù)后密切相關(guān)(p＜0.001)。隨后，將這一發(fā)現(xiàn)在REMBRANDT數(shù)據(jù)庫中進(jìn)行了驗(yàn)證，并依據(jù)同樣的公式可以將樣本分為高風(fēng)險(xiǎn)組和低風(fēng)險(xiǎn)組，高風(fēng)險(xiǎn)組

3、預(yù)后明顯差于低風(fēng)險(xiǎn)組(p＜0.001)，且差別具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。
　　結(jié)論：發(fā)現(xiàn)的這一組6個(gè)假基因所組成的預(yù)后相關(guān)假基因標(biāo)記與膠質(zhì)瘤患者的預(yù)后密切相關(guān)，盡管這一組6個(gè)假基因各自的功能尚未被發(fā)現(xiàn)，的這一發(fā)現(xiàn)提示了假基因在膠質(zhì)瘤發(fā)病發(fā)展過程中潛在的作用，并提示假基因可能是潛在的膠質(zhì)瘤治療靶點(diǎn)。
　　第二部分 假基因ANXA2P2與膠質(zhì)瘤的惡性演進(jìn)和預(yù)后相關(guān)
　　目的：針對(duì)膠質(zhì)瘤的傳統(tǒng)診斷和治療方法效果不佳，分子診斷和分子靶向

4、治療有賴于更多更精準(zhǔn)的分子標(biāo)記和靶點(diǎn)的發(fā)現(xiàn)，假基因被認(rèn)為可以作為致癌基因或抑癌基因存在，并在轉(zhuǎn)錄后調(diào)控發(fā)揮作用。旨在發(fā)現(xiàn)與膠質(zhì)瘤惡性演變和預(yù)后相關(guān)的假基因分子標(biāo)記，以期在未來服務(wù)于臨床治療。
　　方法：通過對(duì)REMBRANDT數(shù)據(jù)庫的一系列分析，發(fā)現(xiàn)了一個(gè)與膠質(zhì)瘤惡性程度以及膠質(zhì)瘤病人預(yù)后（生存期）密切相關(guān)的假基因，并將其在GSE4290數(shù)據(jù)庫中進(jìn)一步驗(yàn)證。
　　結(jié)果：發(fā)現(xiàn)在REMBRANDT數(shù)據(jù)庫中，隨著膠質(zhì)瘤惡性程度增高

5、，ANXA2P2的表達(dá)逐漸增高，而高表達(dá)組較低表達(dá)組有著更差的預(yù)后，且其表達(dá)與ANXA2表達(dá)呈正相關(guān)，后者作為重要的膜連蛋白參與很多癌癥的進(jìn)展;而后，在GSE4290數(shù)據(jù)庫中驗(yàn)證了發(fā)現(xiàn)。
　　結(jié)論：ANXA2P2假基因與膠質(zhì)瘤的惡性演變和預(yù)后密切相關(guān)，ANXA2P2還可能參與了BACH1介導(dǎo)下的轉(zhuǎn)錄后調(diào)控，可以作為一個(gè)值得注意的膠質(zhì)瘤預(yù)后獨(dú)立預(yù)測因子以及膠質(zhì)瘤惡性度評(píng)判標(biāo)記。
　　第三部分 假基因HLA-DRB6與膠質(zhì)瘤的惡

6、性演變和預(yù)后相關(guān)
　　目的：膠質(zhì)瘤惡性程度高，傳統(tǒng)治療手段效果欠佳，分子靶向治療和免疫治療仍在進(jìn)一步臨床試驗(yàn)中，分子靶向治療和免疫治療需要更多的靶基因的發(fā)現(xiàn)，旨在尋找并發(fā)現(xiàn)更多特異性的分子標(biāo)記，以期能夠?yàn)閷淼闹委熓侄未蛳禄A(chǔ)。
　　方法：利用目前假基因數(shù)據(jù)庫的不重疊性，使用生物信息學(xué)的方法在GSE4290數(shù)據(jù)庫中挑選出目標(biāo)基因，并進(jìn)一步在REMBRANDT數(shù)據(jù)庫中進(jìn)行驗(yàn)證。
　　結(jié)果：發(fā)現(xiàn)在GSE4290數(shù)據(jù)庫中，假

7、基因HLA-DRB6與膠質(zhì)瘤惡性程度以及預(yù)后密切相關(guān)，隨著膠質(zhì)瘤惡性程度升高，假基因HLA-DRB6表達(dá)值也升高;而高表達(dá)組較低表達(dá)組有著更差的預(yù)后，這些具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義;而后在REMBRANDT數(shù)據(jù)庫中的驗(yàn)證可以得到同樣的結(jié)論。
　　結(jié)論：HLA-DRB6假基因在預(yù)測膠質(zhì)瘤惡性程度和膠質(zhì)瘤病人預(yù)后方面有一定價(jià)值，其作為人白細(xì)胞抗原超家族的一員可能在機(jī)體特異性免疫方面扮演重要角色，是一個(gè)潛在的免疫治療的靶標(biāo)，但是依舊需要更多的實(shí)驗(yàn)來

8、證實(shí)。
　　第四部分 基于假基因表達(dá)譜芯片對(duì)國人原發(fā)性腦膠質(zhì)母細(xì)胞瘤的分子分型研究
　　目的：分子分型已被認(rèn)為在多種癌癥的靶向及個(gè)體化治療中有重要作用。目前大多數(shù)分子分型是針對(duì)全部膠質(zhì)母細(xì)胞瘤或膠質(zhì)瘤，只有極少數(shù)針對(duì)原發(fā)性膠質(zhì)母細(xì)胞瘤，旨在通過假基因表達(dá)譜來對(duì)原發(fā)性膠質(zhì)母細(xì)胞瘤進(jìn)行分子分型的研究。
　　方法：本研究共納入85例臨床證實(shí)的原發(fā)性膠質(zhì)母細(xì)胞瘤，采用基因芯片的方法對(duì)其中的假基因數(shù)據(jù)進(jìn)行提取及分析，提取出假基因

9、標(biāo)記后對(duì)試驗(yàn)組進(jìn)行分型，并結(jié)合其他分型方法和基因標(biāo)記進(jìn)行研究，最后將所有的研究結(jié)果在REMBRANDT中驗(yàn)證。
　　結(jié)果：發(fā)現(xiàn)一組6個(gè)假基因標(biāo)記可以將85例原發(fā)性膠質(zhì)母細(xì)胞瘤分為2個(gè)亞型，P1亞型和P2亞型，其中P1亞型相對(duì)高表達(dá)EGFR，并存在更多的MGMT啟動(dòng)子甲基化率，而IDH1突變率較低;而P2亞型則與之相反。P1亞型較P2亞型有著更好的預(yù)后，在REMBRANDT中的驗(yàn)證得到了同樣的結(jié)果。
　　結(jié)論：分型方法可以穩(wěn)定