基于三維結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)相似性判定方法研究.pdf

1、蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)與功能的關(guān)系問題是當(dāng)前生命科學(xué)領(lǐng)域一個重大科學(xué)問題，蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)相似性比較則是探索蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)與功能關(guān)系的一種重要手段?；谟嬎銠C(jī)圖形學(xué)方法利用分子結(jié)構(gòu)上的相似性來進(jìn)行分子性能上的比較是目前分子相似性比較的一種重要方法。但已有的表達(dá)和描述比較模糊，許多方法都可以得到一種相似性比較的結(jié)果，然而其計算復(fù)雜度比較復(fù)雜。 使用計算機(jī)圖形學(xué)輔助其他學(xué)科找尋相似性具有很多優(yōu)勢，其中最大的優(yōu)勢是圖形學(xué)有強(qiáng)大的空間表達(dá)能力。本文

2、提出了一種基于計算機(jī)圖形學(xué)的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)相似性比較方法，通過使用空間球極坐標(biāo)三個分量劃分蛋白質(zhì)所在區(qū)域，得到蛋白質(zhì)基本組成元素的空間密度特征，進(jìn)而判定2個蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的相似性。同時，采用空間球極坐標(biāo)下主成份分析法（principle component analysis，PCA），在進(jìn)行相似比較前將2個蛋白質(zhì)大分子沿主軸對準(zhǔn)，保證了相似度計算的幾何不變性。 基于本文方法設(shè)計了一個蛋白質(zhì)分類實(shí)驗(yàn)，結(jié)果表明，該方法可作為各種結(jié)構(gòu)蛋白質(zhì)