生物學(xué)利用mega5.0和clustalx軟件構(gòu)建進(jìn)化樹

1、生物學(xué)利用MEGA5.0和Clustalx1.83軟件軟件構(gòu)建進(jìn)化樹MEGA是一個關(guān)于序列分析以及比較統(tǒng)計的工具包，從3.1版本到后來的4.0版本一直都廣為大家熟悉，現(xiàn)在推出了Mega5.0版本。功能比以前多有改進(jìn)?，F(xiàn)主要介紹使用Mega5.0構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹的方法。供大家參考。用MEGA構(gòu)建進(jìn)化樹有以下步驟：1、測序：將克隆擴(kuò)增測序得到的16SrDNA序列進(jìn)行測序。2、NCBI上做Blast:www.ncbi.nlm.nih.govbl

2、astBlast.cgi找到相似度最高的幾個序列，確定一下你分離的細(xì)菌大約屬于哪個科哪個屬，如果相似度達(dá)到百分之百那基本可以確定你分離得到的就是Blast到的那個，然后尋找相似性最高的細(xì)菌，通常把該屬的序列（Fasta格式文件）下載下來，或點(diǎn)擊GenBank登錄號，復(fù)制FSATA格式，整合在一個.txt文檔中（單獨(dú)建立一個文件夾存放，后面的很多文件會自動裝入該文件夾），如XXXXAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGGAGC

3、GAGGGTGCTTGCACCTTAGCTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCTTAGGAATCTGCCTATTAGTGGGGGACAACATTCCGAAAGGAATGCTAATACCGCATACGCCCTACGGGGGAAAGCAGGGGATCTTCGGACCTTGCGCTAATAGATGAGCCTAAGTCGGATTAGCTAGTTGGTGGGgi|289469964|gb|GU388381.1|Aciobacterto

4、iistrainDSM1497016SribosomalRNAgenepartialsequenceACTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCTTAGGAATCTGCCTATTAGTGGGGGACAACATTCCGAAAGGGATGCTAATACCGCATACGCCCTACGGGGGAAAGCAGGGGATCTTCGGACCTTGCGCTAATAGATGAGCCTAAGTCGGATTAGCTAGTTGGTGGGGTAAAGG

5、CCTACCAAGGCGACGATCTGTAGCGGGTCTGAGAGGATGA………………………….參考序列選擇注意事項(xiàng)：1、不選非培養(yǎng)(unclutured)微生物為參比；2、不選未定分類地位的微生物，最相近的僅作參考；c，在保證同屬的前提下，優(yōu)先選擇16SrDNA全長測序或全基因組測序的種；d，每個種屬選擇一個參考序列，如果自己的序列中同一屬的較多，可適當(dāng)選擇兩個參考序列。3、使用clustalx1.83進(jìn)行序列比對打開壓縮文件c

6、lustalx1.83，運(yùn)行其中的clustalx.exe文件，如圖：點(diǎn)擊：File導(dǎo)入Clustal程序得到的.aln文件。再點(diǎn)FileConverttoMEGAFmat，打開轉(zhuǎn)換文件對話框，從目的文件夾中選中Clustal對比分析后所產(chǎn)生的.aln文件，轉(zhuǎn)換為.meg文件。轉(zhuǎn)換時一路確認(rèn)相關(guān)界面。最后查看meg序列文件最后是否正常，命名新文件存盤保存.meg文件，.meg文件會和aln文件保存在上述.txt同一個文件夾中。5、關(guān)閉轉(zhuǎn)