基于競爭策略的多序列比對算法.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、在分子生物學(xué)和基因組分析中,蛋白質(zhì)序列和DNA序列的比對是一種重要的分析工具.多序列比對問題是NP完全問題,這就是說,任何研究快而完全算法的企圖都將面臨極大困難.求解多序列比對問題可以看成是在一個有向無環(huán)圖中尋找兩點間的最短路徑,求解此類問題眾所周知的方法是動態(tài)規(guī)劃方法,但是使用動態(tài)規(guī)劃方法得到最優(yōu)比對需要消耗大量的時間和空間,對于規(guī)模較大的情形,原封不動地照搬動態(tài)規(guī)劃方法求解從現(xiàn)實角度是不可能的. 首先,提出了一種稱之為基于競爭策略的

2、快速多序列比對近似算法,多序列比對算法分為同時比對算法和非同時比對算法,該算法為一同時比對算法.使用該算法對基因庫Balibase2.01中的序列簇進行了測試,并將實驗結(jié)果與著名的同時比對算法MSA進行了比較,實驗結(jié)果表明該算法是一種十分高效的同時比對算法. 其次,在基于競爭策略的多序列比對算法的基礎(chǔ)上采用分治策略對比對結(jié)果進行了進一步的處理,也就是進行優(yōu)化.采用了一定的方法將原問題轉(zhuǎn)化成了幾個子問題,然后對每個子問題采用原算法進行求解

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