DNA序列模體識(shí)別問(wèn)題的迭代算法.pdf

1、DNA序列模體對(duì)研究基因的表達(dá)調(diào)控有重要作用，模體識(shí)別問(wèn)題是計(jì)算生物學(xué)中一個(gè)熱點(diǎn)問(wèn)題。本文就模體識(shí)別問(wèn)題做了相關(guān)的介紹并提出了一個(gè)新的計(jì)算方法，主要內(nèi)容安排如下:
　　第一章是緒論，簡(jiǎn)略介紹DNA模體識(shí)別問(wèn)題的生物背景及意義，以及該問(wèn)題目前的研究情況。
　　第二章介紹DNA模體識(shí)別問(wèn)題的相關(guān)生物知識(shí)，包括基因表達(dá)過(guò)程中的轉(zhuǎn)錄和翻譯，以及基因表達(dá)調(diào)控中涉及的轉(zhuǎn)錄因子及其結(jié)合位點(diǎn)。
　　第三章給出DNA模體識(shí)別問(wèn)題的詳細(xì)描

2、述，并介紹模體表示方法，包括一致序列表示、矩陣表示、logo圖表示;還介紹模體的評(píng)價(jià)方式，包括信息量評(píng)價(jià)、一致性得分、適應(yīng)度得分。
　　第四章介紹計(jì)算DNA模體識(shí)別問(wèn)題的算法，分別介紹了遺傳算法、蟻群算法、Gibbs采樣算法及其擴(kuò)展算法在模體識(shí)別問(wèn)題中的應(yīng)用。
　　第五章是本文的精髓，提出一個(gè)新的模體識(shí)別的迭代算法，采用遺傳算法框架，從模體長(zhǎng)度較短時(shí)開(kāi)始迭代，利用遺傳變異操作以及本文提出的加一操作，使模體長(zhǎng)度逐漸加一，最終計(jì)